Прилагательные серый и туманный вполне могут быть однородными, поскольку они оба характеризуют состояние атмосферы: серый, туманный день; серый и туманный день. Прилагательные загадочный и теплый вряд ли могут быть объединены каким-либо общим признаком. 

В учебнике отражена одна из научных точек зрения. Если сочетания типа более быстрый, менее быстрый считать составной сравнительной степенью, как это принято в школьной грамматике (см. например пособие Е. И. Литневской), то элементы более, менее можно отнести к формообразующим частицам. Именно такая точка зрения принята в «Объяснительном словаре русского языка» под ред. В. В. Морковкина.

Ваш спор легко разрешить с помощью толкового словаря. Приведем статью из словаря Н. Ю. Шведовой, где не только фиксируется современное значение слова, но и показано, как это значение возникло: 

БЕДОВЫЙ, -ая, -ое; -ов (разг.). Шустрый, сме-лый. Б. мальчишка. || сущ. бедовость, -и, ж.
 К беда; развитие знач.: ‘несущий беду, опасный, гибельный’ > ‘(о человеке) неуживчивый, беспокойный, вздорный’ > ‘смелый, шустрый’.

В корне приведенных Вами слов есть чередование, но это особый тип чередования: перед суффиксом -ова-(-ева-) появляется ударная а, хотя в других случаях пишется проверяемая о (ср.: опоздать — поздно — опаздывать, смотреть — смотр — высматривать, глотать — глотка — проглатывать). Такие корни описывают как особый случай основного правила о проверяемых безударных гласных и считают проверяемыми, но с ограничением на проверку: не проверять словами с суффиксом -ова-(-ева-). См., например, здесь. 

Подробный ответ см. в «Письмовнике».

Между двумя придаточными, соединенными одиночными соединительными или разделительными союзами и, или, либо, да (в значении «и»), запятая не ставится. Верно: Наркотические вещества, которые занесены в особый список и в отношении которых определен алгоритм действий данным Порядком, должны пройти...