Союз вместе с тем не требует выделения знаками препинания. Союзные сочетания а вместе с тем, но вместе с тем, как правило, соединяют простые предложения в составе сложного и перед ними ставится запятая или другой знак препинания.

В таких случаях ставится только запятая: Люди забывают пример человека, который обратился с просьбой к Иисусу: "Если хочешь, можешь меня очистить", предоставляя Ему самому решить это. И тогда Иисус произнес: "Хочу, очистись", после чего проказа пропала.

Запятая после однако, стоящего в начале предложения, возможна только в том случае, если однако – междометие, выражающее сильное удивление или возмущение. Если однако в начале предложения используется как союз в значении 'но', запятая после него не ставится.

После в частности запятая не ставится. Не вполне ясно, где заканчивается присоединительный оборот. Если последнее слово оборота – камня, то после него нужно поставить запятую. Если конец оборота совпадает с концом предложения, то другие знаки не нужны.

Если вторая часть бессоюзного предложения поясняет то, о чем говорится в первой части (в таких случаях возможна подстановка слов а именно), между частями ставится двоеточие. Таким образом, перед это следует поставить двоеточие.

В остальном пунктуация верна.

Деепричастный оборот, в начале которого стоят частицы только, лишь, интонационно не отделяется от предшествующей части предложения (при чтении пауза перед ним не делается), но запятая перед ним обычно ставится: Обрести свободу можно, только став невольником права.

Сочетание в основном не требует постановки знаков препинания. Однако если в основном начинают собой присоединительный оборот, то они выделяются вместе с относящимися к ним словами, т. е. ставится запятая перед ними.

Спасибо за замечание. Ответы исправлены.

Да, Вы правы. Если цитата синтаксически связана с авторским текстом, первое слово цитаты пишется, как правило, со строчной буквы, при этом двоеточие не ставится: Как писал Арановский, «дефицит...». Или следует оформлять цитату так: Арановский писал: «Дефицит...»