Если есть родовое слово, то название в кавычках не склоняется: работа выполнена в федеральном государственном бюджетном учреждении "Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н. Н. Петрова".

Неясно, как предложение может быть "перегружено" запятыми, если они стоят в соответствии с правилами. Постановка знаков препинания не всегда совпадает с интонацией. Существует три принципа пунктуации: грамматический, смысловой и интонационный. Основным считается грамматический. Он предписывает ставить знаки в предложении в соответствии с его грамматическим строением.

Эти написания не регламентируются правилами. Однако можно рассуждать так. Условное название станции, команды корректно писать в кавычках. Личные позывные можно писать как имена и прозвища: без кавычек и оба слова с прописной буквы. При этом в профессиональной среде закрепилось написание в кавычках.

Дело в том, что корень -яв- начинается с согласного звука, а не с гласного: буква Я обозначает в данном случае два звука, согласный J и гласный А. Ср.: семя и семья.

Правильное написание: Нью-Йоркский университет.

Корректно: 1. Однако ночь приходит вновь и растворяет волшебство дня. 2. Он был слишком молод, неспособен подойти к ситуации серьёзно. 3. Я не знаю, люблю ли я сильнее кошек или собак. 4. Я не знаю, нравятся ли мне больше собаки или кошки.

Ответы на вопросы о том, в каких случаях нужно ставить запятые, Вы найдете в справочнике по пунктуации. 

Если название сокращено до двух слов, функцию первого слова в названии данного исторического события принимает на себя прилагательное  французская, тогда корректно его писать с прописной: Французская революция. Ответ на вопрос № 208903 исправлен.

Слова казалось бы и конечно относятся к группе вводных слов, выражающих «оценку говорящим степени достоверности сообщаемого — уверенность, предположение, возможность, неуверенность и т. д.» (формулировка из параграфа 25.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Оценка чего-либо — часть отношения к чему-либо, поэтому характеристика слов казалось бы и конечно как выражающих «отношение говорящего к высказыванию» не ошибочна. Вместе с тем она неточна, поскольку «отношение говорящего к высказыванию» может выражаться вводными словами, указывающими не только на достоверность сообщаемого, но и на эмоции (к сожалению), способ выражения мысли (иными словами) и т. д. 

Если высказывание передается не дословно, то правила постановки знаков при прямой речи применять не требуется; два приложения, расположенные перед определяемым словом и характеризующие человека с разных сторон, не разделяются запятой: В результате на фасаде дома должен появиться мурал с портретом героя, рассказал участник проекта художник Иван Иванов.

Непростой вопрос. С одной стороны, в исторических (не существующих в настоящее время) названиях государств с большой буквы пишутся первое слово и входящие в состав названия имена собственные: Французское королевство, Неаполитанское королевство, Королевство обеих Сицилий; Римская империя, Византийская империя, Российская империя; Новгородская республика, Венецианская республика; Древнерусское государство, Великое государство Ляо и т. д.

С другой стороны, в названии Союз Советских Социалистических Республик все слова пишутся с большой буквы, хотя этого государства тоже уже не существует. Сохраняются прописные буквы и в названиях союзных республик, в исторических названиях стран соцлагеря: Польская Народная Республика, Народная Республика Болгария и т. д.

Историческая дистанция, безусловно, является здесь одним из ключевых факторов. Должно пройти какое-то время (не два–три десятилетия, а гораздо больше), для того чтобы появились основания писать Союз советских социалистических республик по аналогии с Российская империя.

Историческая дистанция вроде бы позволяет писать в приведенных Вами названиях государственных образований с большой буквы только первое слово (эти образования существовали непродолжительное время и исчезли уже почти 100 лет назад). Но, с другой стороны, прописная буква в каждом слове названия подчеркивает тот факт, что эти сочетания в свое время были официальными названиями государств (или претендовали на такой статус). Если автору текста важно обратить на это внимания читателя, он вправе оставить прописные буквы (даже несмотря на то, что таких государственных образований давно уже нет на карте).