Да, вводные сочетания по словам (кого-либо, чего-либо, чьим-либо), по подсчетам (кого-либо, чего-либо, чьим-либо) обособляются. Указанные запятые нужны.

Правильно: фэнтези. Жанр фэнтези основан на сюжетном допущении иррационального характера. Это допущение не имеет логической мотивации в тексте, предполагает существование фактов и явлений, не поддающихся, в отличие от научной фантастики, рациональному объяснению.

В научной фантастике мы имеем дело с единой научно обоснованной посылкой (например, если речь идет о перемещении во времени, обосновывается механизм работы машины времени, если сюжет основан на превращении человека в невидимку, подробно рассказывается об опытах, ведущих к такому результату). В фэнтези же фантастических допущений может быть сколько угодно, в этом особом мире все возможно – боги, демоны, добрые и злые волшебники, говорящие животные и предметы, мифологические и легендарные существа (нимфы, фавны, сатиры, эльфы, гоблины, гномы, хоббиты и пр.), привидения, вампиры и пр. В научной фантастике действие происходит в определенное время и в определенном месте (например, на космической станции в будущем). Миры фэнтези лишены географической и временной конкретности: события происходят в условной реальности, где-то и когда-то, часто в параллельном мире, похожем отчасти на наш.

Согласны с Вами: стоит выбрать вариант Приказ тайных дел. Такой вариант соответствует общему правилу о написании названий организаций: с прописной буквы в них пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные. Ср. другие исторические наименования различных ведомств, зафиксированные в академическом орфографическом словаре, размещенном на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН:

Верхо́вный та́йный сове́т (в России, 1726–1730)
Вре́менное прави́тельство (в России, 1917)
Госуда́рственная ду́ма (в России, 1906–1917)
Прави́тельствующий сена́т (в России, 1711–1917)
Та́йная канцеля́рия (в России, XVIII в.)
Тре́тье отделе́ние (гос. учреждение в России, ист.)

Слова как бы в значении уподобляющей частицы (Отвечает как бы нехотя) или сравнительного союза (Зашуршало в траве, как бы прополз кто-то) и типа в функции предлога (Супермен типа Джеймса Бонда) не требуют обособления. В приведенных Вами контекстах разговорного характера (Весь вырядился, типа крутой; Пора бы нам как бы начать действовать) они также не обособляются. В ответе на вопрос 324232 речь шла о грамматически не связанных с членами предложения словах: Он, это самое, пришел; Он, короче, пришел и т. п.

Это сложные предложения с прямым вопросом, в них кавычки не нужны: 

Разумеется, возникает вполне логичный вопрос: почему именно в последние 10–15 лет так много говорится о медицинской практике, основанной на принципах доказательности, почему сегодня это направление одно из самых перспективных в медицине?

Когда между группой случаев в контрольной группе установлено различие по частоте встречаемости фактора риска, необходимо задать вопрос: действительно ли уровень встречаемости фактора, наблюдаемый в контрольной группе, ожидаемый среди всего населения? Или вопрос можно задать по-другому: могут ли представители данной контрольной группы иметь к изучаемому фактору необычно высокий или низкий уровень подверженности, существенно отличающийся от всего населения, в отношении которого проводится исследование?

О таких предложениях писал Д. Э. Розенталь: «Двоеточие ставится перед прямым вопросом, включенным в состав бессоюзного сложного предложения: Спрашивается теперь: что же делало наше общество в последние 20–30 лет? (Доброл.); Одного только я не понимаю: как она могла тебя укусить? (Ч.); До сих пор удивительным и неразгаданным остается: кто же в эту роковую ночь дивизионную школу снял с караула? (Фурм.); Я прошел к калитке по мокрой траве, испытывая тревогу: кто же рассмотрит первый трактор в таком непроглядном тумане? (Перв.)».

В отделе корпусной лингвистики и лингвистической поэтики Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН нам ответили следующее. 

«Русская грамматика» 1980 г. была фундаментальным изданием, которое охватывает все уровни структуры русского языка, включая фонетику (что не характерно для обычных грамматик). С тех пор инструменты изучения языка изменились – появились корпусные и компьютерные методы в связи с разработкой корпусов, в том числе – Национального корпуса русского языка. Поэтому естественно, что следующие поколения грамматик будут корпусными. Первый опыт такой грамматики на материале НКРЯ осуществлен группой исследователей ИРЯ РАН, МГУ, ИЛИ РАН (СПб), СПбГУ, ВГУ и др. институтов и университетов. Результаты исследований размещены на сайте http://rusgram.ru/. К сожалению, сейчас доступна только старая версия сайта (новая дорабатывается). Там размещены результаты корпусных исследований по основным разделам грамматики русского языка. Те, кто предпочитает получать информацию из печатных изданий, могут обратиться к трехтомнику:

Материалы к Корпусной грамматике русского языка. Выпуск I. Глагол. 2016.

Материалы к Корпусной грамматике русского языка. Выпуск II. Синтаксические конструкции и грамматические категории. 2017.

Материалы к Корпусной грамматике русского языка. Выпуск III. Части речи и лексико-грамматические классы. 2018.

Однако в трехтомнике опубликованы не все материалы, размещенные на сайте, так что к сайту все-таки тоже имеет смысл обращаться.

Слово смердящий имеет значение "испускающий смрад, зловоние; имеющий дурной запах". Поэтому сочетание некорректно, возможный вариант: дурной, неприятный запах.