Ответы не противоречат, а дополняют друг друга. Запятая во фразе с наступающим 2007 годом ставится, если пишущий придает числительному пояснительный оттенок: с наступающим, то есть 2007 годом. Однако без пояснительного оттенка оборот тоже возможен: с наступающим 2007 годом. В этом случае слово наступающим относится ко всему обороту 2007 годом: с 2007 годом (каким?) наступающим. 

Такого союза то что нет в литературном русском языке, в том числе в разговорной речи (разговорная речь – это тоже часть литературного языка). Подобное употребление слов то что ошибочно. Если всё же нужно передать это неправильное произнесение на письме (например, в исследовании, посвященном неправильному употреблению), можно записать: Стало грустно от мысли, то что она не придет.

Условия обязательного обособления оборотов со значением включения, к которым относятся и обороты с предлогом вместе с, перечислены в параграфе 78 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. В приведенном предложении нет этих условий, однако при желании автора придать обороту характер попутного замечания этот оборот может быть обособлен.

Слово родина не употребляется в формах множественного числа. В сочетании малая родина это слово, как правило, пишется со строчной буквы. Написание слова родина с прописной буквы используется при необходимости придать тексту высокое, торжественное стилистическое звучание. Вне этих стилистических задач следует предпочесть написание со строчной буквы. С учетом сказанного можно рекомендовать написание: большая и малая родина.

Самим строгим образцам книжно-письменной речи будет соответствовать форма отметил. Сказуемое ставится в форме мужского рода, если оно предшествует сочетанию «название должности + собственное имя». Возможно, есть смысл переставить слова, чтобы использовать форму женского рода сказуемого и придать тексту меньшей строгости, официальности: «Мы планируем создать единый экостандарт», — отметила Ольга Иванова, руководитель предприятия.

1. Запятые нужны, так как части после союза и представляют собой неполные предложения: Ваш успех можно объяснить только удачей, и больше ничем [нельзя объяснить]; Я не умру, пока не посажу тебя, и тебя тоже [посажу] (слово тоже, употребленное в качестве конкретизатора союза и, придает последней части присоединительный, факультативный характер).

2. Между инициалами действительно необходим пробел.

Союз а также придаёт добавочный характер последнему члену ряда. Указанная Вами формулировка предполагает отнесение к служебной информации ограниченного распространения несекретной информации двух типов: 1) такой, которая касается деятельности организаций и ограничения на распространение которой диктуются служебной необходимостью; 2) такой, которая поступила в организации и доступ к которой ограничен в соответствии с федеральными законами.

Обособление приложения главного бухгалтера А.А. Петрова придаст ему характер попутного замечания: важно, что это был ключ работника компании, а что это за работник — информация второстепенная. Если важно именование конкретного работника, приложение выделять не нужно. Правда, в этом случае возникнет двусмысленность: фрагмент можно прочитать и как работника компании (чьей?) главного бухгалтера А.А. Петрова; возможно, потребуется перестроить предложение.

Приведенного Вами контекста теперь достаточно, чтобы ответить на вопрос. Поскольку во второй части предложения есть соотносительное слово то, запятая между что и если не ставится: ...понял, что если ему удастся спасти Источник (...), то, пожалуй, всё здесь со временем придёт в норму...

Слова тем не менее вводными не являются. О пунктуационном оформлении этих слов см. в «Справочнике по пунктуации». 

В таких случаях всё зависит от общего контекста и связанного с ним  авторского замысла. Обособление имени собственного придает ему характер попутного замечания. Так, в предложении Жена Михея, Дарья, жила с нашей матерью на квартире хозяина Михея обособление имени собственного Дарья показывает, что имя жены Михея совершенно неважно для общего понимания ситуации. То же и в других приведенных примерах.