В данном предложении запятая между союзами "но" и "когда" ставится потому, что здесь имеется сочетание сочинительного союза "но" с подчинительным союзом "когда".  Внутри второй части предложения "Он продолжал путь, но... неожиданно шина свистнула и осела" находится придаточное времени "когда оставалось всего двенадцать верст". Запятая разделяет главное и придаточное предложения. 

Вы верно заметили, что в предложении два ряда однородных членов: первый — дополнения песни и сказки, второй — обстоятельства и в Одессе, и в Кишиневе, и в Псковской губернии. Перед первым из однородных членов, соединенных повторяющимися союзами, запятая не ставится (см. примеры, приведенные в параграфе 26 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).

Верный вариант расстановки знаков препинания: Наша забота привела к тому, что дом построили вовремя и, что очень важно, он обошёлся недорого. Вводное предложение что очень важно (употребляется для подчеркивания значимости какого-либо факта) выделяется с двух сторон запятыми; перед союзом и не ставится запятая, поскольку он соединяет две однородные придаточные части, зависящие от слова тому (союз что перед второй из них не повторяется).

Постановка/непостановка запятой в таких конструкциях вариативна и зависит от того, полагает ли пишущий прилагательные теплый и дружеский однородными либо нет. В первом случае в слове теплый пищущий усматривает значение "добрый, сердечный", во втором — более узкое значение "такой, к-рый выражает ласку, приветливость, сердечное отношение к кому-чему-л.". Заметим, что гораздо чаще прилагательные теплый и дружеский употребляются как однородные.  

Наличие во второй части обстоятельства в устьях некоторых рек и в отдельных заливах (оно относится ко всей грамматической основе, то есть представляет собой детерминант) говорит о том, что эта часть действительно является неполным предложением. Без этого обстоятельства мы бы имели дело с присоединительной конструкцией, сравним: Каждый день в этом месте уровень океанских вод поднимается и снижается, причем на несколько метров.

Строго говоря, нельзя. Смысл подобного рода конструкций, где дательный падеж существительного может обозначать как субъект, так и объект действия, определяется в контексте. В то же время при данном порядке слов преобладающая часть носителей русского языка воспримет водителям как обозначение объекта действия (в том числе потому, что дательный падеж при глаголе грубить, расположенный справа от глагола, в речевом общении гораздо чаще обозначает именно объект).

Это обстоятельственные обороты со значением условия, не требующие обособления. Во втором и третьем примерах оборот находится в начале предложения, что не предполагает его отделения запятой от остального предложения. В первом примере он находится в середине предложения, но не является уточняющим по отношению к обстоятельству времени сейчас, к тому же он важен для общего смысла предложения, его невозможно считать попутным пояснением.

Да, такая ситуация не редкость, когда гласные я, е, ё, ю, и находятся в положении после гласного или разделительного мягкого знака (буква и только во втором случае) на стыке морфем. Ср. морфемное членение следующих слов (без учета редукции безударных гласных): играют — игр-а-[й-ут], лисьи — лись-[й-и], гостья — гость-[й-а], свечение — свеч-ени[й-э], даёт — да-[й-от].