Орфографическая разница связана с суффиксом первой части. Слово плодово-ягодный пишется по правилу: сложные прилагательные с сочинительным отношением основ и суффиксом в первой части пишутся через дефис, см. также здесь. Слово плодоягодный из словарной области, так как суффикса в первой части нет, см. также здесь.
Словарная фиксация: мясо-костный. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012. Такое написание соответствует правилу: пишутся через дефис прилагательные, образованные из двух или более основ слов, обозначающих равноправные понятия (мясо и кости).
На слитное написание слова цифроаналоговый влияет отсутствие в первой части этого слова суффикса прилагательного или причастия (в русско-английский такой суффикс в первой части есть). Слитное/дефисное написание прилагательных определяется не только отношением основ, оно зависит от многих других факторов, поэтому во многих случаях устанавливается по орфографическому словарю.
Корень кт-, чт- и окончание -о. Эти местоимения интересны тем, что падежные формы у них образуются от разных основ: |кт|-, |чт|- (формы именительного падежа) и |к|-, |к'|- и |ч|- (формы косвенных падежей): кт-о, чт-о, но к-ого, ч-его, к-ому, ч-ему, к-ем, ч-ем.
В современном русском языке в слове ссора выделяется корень ссор-; слова мусор и ссора однокоренными не являются. Более того, не являются они и этимологически родственными, т. к. происходят от разных основ: мусор связывают с мусолить, а слово ссора возводят к тому же корню, что и свара, сварливый.
Е - соединительный гласный (используемый при соединении двух основ в одно сложное слово). В русском языке соединительный гласный передается на письме только буквами О и Е. Буква Я пишется вместо соединительных гласных О и Е только в словах с первыми частями себя-, время-, семя-, имя: себялюбие, времяисчисление, семяприемник, имятворчество.
Слово лиро-эпический пишется через дефис как сложное прилагательное с сочинительным отношением основ. Существительное лироэпика появилось значительно позже прилагательного. Конечно, это не исключает установления обычных словообразовательных связей: образования прилагательного от существительного. Тогда можно сказать, что лиро-эпический пишется через дефис как исключение из правила о слитном написании прилагательных, образованных от слитно пишущихся существительных.
Правильнее будет считать родовым словом только первое (храм, поселок, набережная, улица и т. д.), а второе слово, которое пишется со строчной буквы, следует считать частью собственного наименования (не путать с именем собственным!).
В этих глаголах -ать - не окончания. Гласный А - это гласный основы инфинитива глагола. При этом следует знать, что существует ограниченное количество вариантов глагольных основ (инфинитива и настоящего времени), на них и следует ориентироваться при объяснении спряжения в русском языке носителям иностранных языков.
См. также: http://rusgram.narod.ru/1549-1561.html
Правилам соответствуют написания прилагательных обыденно-эмпирический и частнонаучный: первое из них образовано от слов, обозначающих равноправные понятия (обыденный и эмпирический), второе — от основ слов, отношение между которыми носит подчинительный характер (частные науки). О написании прилагательного естественно-научный см. комментарий на орфографическом академическом ресурсе «Академос». По аналогии с естественно-научным закономерно и написание естественно-природный.
