Тире факультативно.

В словарях русского языка для работников СМИ (в «Словаре собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко, в «Словаре трудностей русского языка для работников СМИ» М. А. Штудинера) именно такая фиксация: Биньямин Нетаньяху.

Исторически родственные имена в разных языках могут произноситься (и передаваться на русский язык) по-разному: имя начинает жить по фонетическим законам принявшего его языка. Библейское имя Биньямин (Беньямин) в английском языке приобрело форму, передаваемую на русский язык как Бенджамин, а в русском языке, например, стало Вениамином.

Обстоятельственный оборот с предлогом в соответствии, находящийся между подлежащим и сказуемым, нужно обособить: В связи с вышеизложенным Ваше обращение, в соответствии с частью 3 статьи 8 Федерального закона от 02.05.2006 № 59-ФЗ «О порядке рассмотрения обращений граждан Российской Федерации», направлено для рассмотрения в Министерство внутренних дел по Республике Башкортостан.

Нет, в данном случае словосочетание «российская армия» должно быть написано со строчной буквы.

Аналогию между Госдумой и Российской Федерацией проводить не следует, поскольку написание названий государств и написание названий органов власти регулируются разными орфографическими правилами. В названиях государств с прописной буквы пишутся все слова (кроме служебных); в названиях организаций, учреждений, органов власти с прописной буквы пишется только первое слово и входящие в состав названия имена собственные, поэтому орфографически правильно было бы писать Федеральное собрание, Государственная дума (но Совет Федерации, здесь Федерация – имя собственное, т. к. выступает вместо сочетания Российская Федерация). Однако в официальных текстах (а на практике – в современной письменной речи вообще), вопреки орфографическим нормам, принято написание Государственная Дума и Федеральное Собрание.

Сокращения Госдума и Совфед могут быть использованы при неофициальном употреблении, например в прессе, в обиходной речи, но, разумеется, недопустимы в официальных текстах.

В годы советской власти сочетание Совет Министров  было официальным названием высшего исполнительного и распорядительного органа государственной власти – и в СССР, и в РСФСР. Этим и объясняется написание обоих слов с прописной буквы. Поскольку действующие «Правила русской орфографии и пунктуации» были приняты в 1956 году, неудивительно, что в них тоже отмечено написание Совет Министров. Такого написания следует придерживаться, если речь идет о советской эпохе.

Правильно написание Совет Министров и в том случае, если имеется в виду официальное название высшего органа исполнительной власти какого-либо государства, например: Совет Министров Республики Беларусь.

Однако как неофициальное название высшего государственного органа (как синоним слова правительство) правильно написание Совет министров. Невозможно написание слова министров  с прописной, если речь идет о российском правительстве, поскольку в нашей стране официальное название высшего органа исполнительной власти – Правительство Российской Федерации.

В приведенном Вами примере обособление не требуется.

Думаем, что вторая прописная буква избыточна.

В этом предложении нужна только одна запятая – перед что.

Предпочтительно: РЖД (компания) ввела.