Да, между инициалами нужен пробел: Иванов И. И.

Слова в том числе и от американских граждан могут быть присоединительной конструкцией (т. е. носить характер сведений добавочных, сообщаемых попутно, в дополнение к содержанию основного высказывания). Тогда перед ними нужна запятая. Если значения присоединения нет, знак не нужен. Окончательное решение – за автором текста.

Предлог включая и союз в том числе различаются грамматически — принадлежат к разным частям речи; включая, как и любой предлог, требует определенного падежа существительного (включая кого-что-л.), союз в том числе, как и любой союз, такого свойства не имеет. ЧТо касается значения, то в словарях можно найти указание, что предлог включая синонимичен союзу в том числе, а также толкование предлога включая через в том числе. Судя по этим данным, значение у рассматриваемых единиц одно и то же. Особо следует сказать о сочетании в их числе. Это сочетание образует так называемое эллиптическое предложение (самостоятельно употребляемое предложение с отсутствующим сказуемым). В таких предложениях при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен: ...в их числе — JZ; ...в их числе JZ.

Нарушение лексической сочетаемости есть в выражении складываются из опыта. 

Запятая нужна, она закрывает присоединительный оборот: ...взаимодействия многих, в том числе и перечисленных выше, признаков.

В этом предложении нет присоединительного оборота и сочетание в том числе не выделяется запятыми.

Знаки расставлены корректно. Запятую после а главное можно заменить на тире.

Запятая нужна: То левой, то правой лапой медведь запихивал хворост в берлогу.

С местоимениями частица то пишется через дефис: я-то, тебе-то, он-то. Не путать с союзами будь то, как то, будто, например: Хочу ― еду шагом, хочу ― скачу, да так, что всякая тварь бежит прочь, всякая птица ― будь то курица, будь то воробей ― с криком разлетается на стороны (В. Астафьев).