Кофе – существительное мужского и среднего рода. Мужской род – строгая литературная норма, средний род – допустимое разговорное употребление. См. также Горячую десятку вопросов.

Корректно: МОЛКОМ стал или компания МОЛКОМ стала...

Если аббревиатура распространенная, то можно выяснить род при помощи словаря. В противном случае род аббревиатуры обычно соответствует роду центрального по смыслу слова в расшифровке (и в переводе) аббревиатуры.

Это слово с дополнительным оттенком значения:

ШУБЕЙКА, -и; мн. род. -беек, дат. -бейкам; ж. Разг.
Короткая или нетёплая, изношенная шубка. Старенькая, беличья ш. Замёрзла в своей шубейке. Ш. выше колен.

Словарная помета "с." означает не существительное, а средний род - в том случае, когда слово выступает в роли существительного.

Все названные Вами слова могут употребляться и как прилагательные (несогласованные определения), и как существительные.

В словарях, изданных в последние 20-30 лет, добавился средний род слова кофе для разговорной речи. 

Род таких существительных определять не принято.

Из БСЭ:

Козлобородник (Tragopogon), род растений семейства сложноцветных. Дву- или многолетние травы, содержащие млечный сок. Листья линейные или ланцетные. Цветки язычковые жёлтые, реже розовые или пурпуровые, в крупных корзинках с однорядной обёрткой. Семянка с хохолком. Более 150 видов в умеренных областях Старого Света. В СССР около 80 видов, главным образом на Кавказе и в Средней Азии. Наиболее распространены по лугам и лесным полянам К. луговой (Т. pratensis) и К. восточный (Т. orientalis).

Чаще всего род таких названий определяется по родовому слову: далекое (княжество) Монако, широкая (река) Лимпопо, густонаселенный (город) Токио. Если можно использовать два разных родовых слова, то возможны варианты согласования: независимое (государство) Гаити, независимая (страна) Гаити, далекий (остров) Гаити, прекрасный (город) Брешиа и прекрасная (провинция) Брешиа.

В некоторых случаях родовая принадлежность существительного устанавливается традицией, поэтому требуется словарная проверка.

Вообще говоря, род не принято определять у существительных, не имеющих формы множественного числа. Но "Грамматический словарь" А. А. Зализняка считает слово очки существительным мужского рода.

Если же речь о форме мн. ч. слова "очко", то род, разумеется, средний.