Проблема в том, чем является часть гипер-. Есть две точки зрения: гипер- в значении «над, сверх» относят к приставкам или считают первой частью сложного слова. Если это приставка, то перенос гипе-ринсулинемия допустим, как и гипер-инсулинемия. Ср. варианты из правил: бе-заварийный, беза-варийный, без-аварийный; ра-зоружить, разо-ружить, раз-оружить; по-дучить, поду-чить,  под-учить.

Если же гипер- – часть сложного слова, то согласную букву от первой основы отрывать нельзя, соответственно из двух приведенных вариантов правильным будет только второй.

Полагаем, что этот вариант переноса – как учитывающий морфемное членение – для длинного термина предпочтительнее: слово будет легче прочитываться. 

К сожалению (или к счастью), программы переноса пока не могут учесть все нюансы правил и сложности грамматики.

Здесь действительно есть сравнение, а кроме того, это сложное предложение, поэтому запятая нужна: Госуслуги проще, чем кажется.

Вы оформили предложение корректно: Комментарий клиента «2.4 сроки выполнения работ не соблюдены» является обоснованием и предусмотрен в расчёте показателей.

Запятая не нужна. Ну здесь – частица. Запятая ставится после междометия ну, выражающего побуждение, призыв к действию: Ну, давай плясать! После частицы ну запятая не ставится.

Правильно в именительном падеже мн. числа: шеф-повара.

Если на основании доверенности действует заместитель директора, то правильно: заместитель (какой?) действующий. 

Правильно.

Не пишется раздельно при противопоставлении, которое выражено союзом а (напр.: не большие, а маленькие деньги): здесь один признак отрицается, а второй утверждается. При союзе но нет противоположных друг другу понятий, они вполне совместимы, т. е. предмету одновременно приписываются два признака без отрицания одного из них: небольшие, но вполне реальные деньги (= деньги небольшие, но при этом реальные).

Верен первый вариант.

Форма именительного падежа мн. числа: лучшие комедии, форма родительного падежа мн. числа: лучших комедий.