Порядок, в котором перечисляются падежи, определяется двумя факторами: 1) отношениями между падежами; 2) традицией.

Что касается отношений, то имеется в виду противопоставление прямого падежа — именительного — всем остальным, косвенным. В старину, когда в русском языке еще был жив звательный падеж, его также считали прямым («правым»).

Прямой падеж как бы возглавляет систему падежей, поэтому именительный занимает в перечне первое место.

Традиция же определяет порядок перечисления остальных — косвенных падежей. Какой-то особый «лингвистический» порядок нам неизвестен. Именно по традиции после именительного следуют родительный, дательный и т. д. Причем традиция эта характерна не только для русского языка. Падежи в немецком языке, где их 4, перечисляют в таком же порядке: номинатив — генитив — датив — аккузатив. Эта традиция, в свою очередь, восходит к традиции перечисления падежей в латыни, где не было того, что мы называем предложным падежом, зато был звательный падеж: именительный (nominatīvus), родительный (genetīvus), дательный (datīvus), винительный (accusatīvus), творительный (ablatīvus), звательный (vocativus).

В «Грамматике словенской» Лаврентия Зизания (1596) падежи перечисляются в следующем порядке: «Именовный, Родный, Дателный, Творителный, Винителный и Звателный» (6 падежей). В труде «Грамматики славенския правилное синтагма» Мелетия Смотрицкого (1619) — в следующем порядке: «Именителный, Родителный, Дателный, Винителный, Звателный, Творителный, Сказателный» (7 падежей). Как видим, хотя по времени создания эти труды очень близки, они различаются и набором падежей, и их наименованиями, и порядком их перечисления. У Зизания нет предложного (или местного) падежа — у Смотрицкого он есть («Сказателный»). У Зизания звательный падеж занимает в перечне последнее место, у Смотрицкого он следует за винительным. Эти колебания отражают постепенное становление традиции в применении ее к грамматике русского («славенского») языка. Впоследствии эти колебания сошли на нет, звательный падеж, если он указывался, занимал в перечне последнее место.

Реально существующая падежная система русского языка, безусловно, значительно сложнее, чем та, которую изучают в школе. Например, выделяются «второй родительный падеж» — партитивный (со значением части: выпей чаю), «второй предложный падеж» — локативный (со значением места: о лесе, но в лесу; о мосте, но на мосту). (Перечень неполный.)

В лингвистике существует также понятие глубинного падежа, или семантической роли. Но это к морфологической системе падежей имеет довольно косвенное отношение, а терминологически с нею никак не совпадает, поэтому здесь об этом говорить не будем.

При желании можно обратиться к прекрасной статье о падеже Г. И. Кустовой.

Принадлежность перечисленных существительных к одушевленным или неодушевленным определяется по морфологическим признакам; см. тематический раздел «Письмовника».

Корректно: Завершены ремонтные работы более чем на 2,7 тыс. объектов.

Обратимся к Национальному корпусу русского языка.

По запросу вернулись усталые получено 7 примеров.

По запросу вернулись усталыми — ни одного.

Корректными представляются следующие варианты записи: В штатное расписание необходимо ввести аппаратчиков цеха (7 единиц), дражеровщиков цеха (6 единиц); В штатное расписание необходимо ввести: аппаратчик цеха (7 единиц), дражеровщик цеха (6 единиц).

Наиболее уместно заключить указание на часть рисунка в скобки: На рис. 8.1 (а, б) представлены основные варианты структурных схем привода.

Верно с запятыми, выделяющими придаточную часть внутри главной: Вопрос, стоит ли принимать витамин D для профилактики и лечения ОРВИ, с наступлением холодов становится всё более актуальным.

Словесная форма избавит читателя от загадок.

Запятая нужна. Наречие ныне разрывает синтаксическую связь сочетаний г. Раменское и Московской области, в результате образуется неполное предложение, восстанавливаемое примерно как ныне [это город] Московской области. 

Верно: нечто отстоит (то есть находится) на расстоянии не более 5 м.