В предложении Стороны остаются каждая при своем мнении сказуемое остаются при своем мнении. В нем остаются — полузнаменательная связка, при своем мнении — устойчивое словосочетание, именная часть сказуемого. 

Гео… – первая часть сложных слов, пишется слитно. Корректно: геоскопления. 

В предложении Летом мы ремонтировали крышу дома слово дома является дополнением. Кто-то, видимо, ошибочно решил, что существительное не может управлять дополнением, а зависимое сущ. при нем всегда является несогласованным определением. На самом деле существительные вполне могут управлять дополнениями; в частности, в данном случае главное слово — крыша — обозначает часть целого, и при таких сущ. регулярно использование в качестве дополнения слова, обозначающего то целое, часть которого названа. Вот, скажем, в словосочетании ограда Летнего сада зависимый компонент действительно является несогласованным определением.

Орг… – первая часть сложных слов, пишется слитно. Корректно: оргизменение, оргструктура. 

Разговорного характера не возникнет. Конечно, использование где вместо в которой в данном случае дает едва ощутимое снижение, но это снижение не переходит границу общелитературного языка и разговорной речи. Поэтому никакой речевой ошибки в таком употреблении нет.

В предложении говорится только о том, что собака положила птицу при выходе из воды, то есть в процессе выхода. В процессе выхода она может положить птицу и на мелководье, вблизи от берега, и уже на берегу, коснувшись лапами суши. Поскольку это в предложении не конкретизировано, можно считать равноправными оба понимания.

Корректно: спецегерь. Спец... – первая часть сложных слов, пишется слитно. Произношение: [сп'эцйэ́г'эр'].

Правильно: Старшему инструктору по вождению пожарной машины — водителю. 

Это сложноподчиненное предложение, первая часть которого представляет собой нечленимое предложение (слово-предложение).

Часть эко- пишется слитно: экопомпа. Сравним: экодом, экокожа.