Для написания этих слов с прописной оснований нет. Верно: гражданский воздушный флот.
Ударение падает на последний слог: ГЛОНАСС.
В "Словаре имен собственных" Ф. Л. Агеенко это слово зафиксировано как существительное женского рода (по родовому слову - система; ГЛОНАСС - Глобальная навигационная спутниковая система). Корректно: российская ГЛОНАСС, как и американская GPS, предназначена для определения местоположения наземных, морских и воздушных объектов.
Аббревиатура ГЛОНАСС несклоняемая.
Слово, написанное заглавными буквами, не всегда является аббревиатурой. Например, в названиях компаний, брендов, в именах собственных использование заглавных букв может быть обусловлено требованиями уникальности и узнаваемости (самый распространенный пример — названия морских и воздушных судов). Также в различных областях науки и техники могут использоваться специфические термины, написанные заглавными буквами, которые не являются аббревиатурами. За более подробной информацией можно обратиться к словарям и справочникам по русскому языку, а также к специализированной литературе в соответствующих областях знаний.
Оба варианта возможны.
