Запятая перед соответственно не нужна. Сказуемое лучше поставить в форму множественного числа, а знак % отделить пробелом: Чувствительность и специфичность метода составили 62,5 % и 60,8 % соответственно.

Да, влияет. Слово следующие указывает на то, что далее последует список или перечень чего-либо, поэтому после этого слова ставится двоеточие, чтобы отделить его от последующего списка. При отсутствии слова следующие двоеточие не обязательно.

Инфинитивную конструкцию бежать за ним можно рассматривать как «представляющую форму», которая называет то, на чем сосредоточивается внимание («Русская грамматика» 1980 г., т. 2, § 2675). Действительно, такую форму можно отделить с помощью тире: Уходит из-под носа мой автобус, но бежать за ним — не побегу, пускай уходит.

Сочетание от 30 минут можно рассматривать как присоединительную конструкцию и, соответственно, отделить запятой.

Для постановки запятой перед тире нет оснований. Однородные придаточные части, соединенные союзом и, достаточно отделить от главной части рассказываем в статье только с помощью тире (см. пункт 3 параграфа 124 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина): Почему кошка очень много пьет воду и какие причины могут скрываться за этим симптомом — рассказываем в статье.

Ваш вариант постановки знаков препинания соответствует правилам русской пунктуации. Правда, если первые две части разделены запятой, выражающей перечислительные отношения, получается, что последняя часть содержит следствие не только из второй (ты пришла), но и из первой части (без тебя душа болела), а это явно противоречит общему смыслу высказывания. Для более точного выражения смысла рекомендуется отделить первую часть точкой: Без тебя душа болела. Ты пришла — и всё прошло. 

Знаки препинания расставлены корректно. Если необходимо отделить друг от друга две части предложения, можно добавить в начале второй части слово это: Сотрудники, которые занимаются спортом, — это, как правило, люди организованные.

Более сильным фактором здесь будет первый: частица не относится только к определению при сказуемом-существительным, а не к самому этому существительному.

Инфинитивная конструкция так далеко в будущее заглядывать — это «представляющая форма», которая называет то, на чем сосредоточивается внимание («Русская грамматика» 1980 г., т. 2, § 2675). В восклицательном предложении Какой ты оптимист! содержится высказывание по поводу названного в инфинитивной конструкции. Представляющую форму можно оформить как отдельное предложение или отделить от основного высказывания тире: 1) Какой ты оптимист! Так далеко в будущее заглядывать!; 2) Какой ты оптимист — так далеко в будущее заглядывать!

Придаточная часть состоит из союзного слова как и акцентирующей частицы именно. Её нужно отделить запятой: Научить пользователей работать с этим и показать, как именно.