Да, обстоятельственные обороты «по замыслу (кого-либо, чего-либо, чьему-либо)» обычно обособляются. Исключение составляют случаи, когда обороты образуют неразрывные сочетания с глагольными формами. Подробнее см. в «Справочнике по пунктуации».
Предпочтительно согласование в ед. ч.
Корректно: не заметят отсутствия.
О пакете молока так говорить не следует.
Правила пунктуации допускают возможность как выделения второго определения запятыми с двух сторон, так и постановки запятой только между определениями. Не менее важных можно рассматривать как однородное определение к других или как уточнение (в первую очередь интонационное). Окончательное решение о постановке запятых принимает автор текста.
Корректно: не запускается котел. Глагол заводиться может употребляться в тех случаях, когда речь идет о механизме, моторе.
В подобных случаях название института следует писать в кавычках и не склонять: Учреждение Российской академии наук «Институт серпа и молота», директор Учреждения РАН «Институт серпа и молота».
Если сама конфета называлась "Удача", то верен первый вариант. Если она так не называлась, но к ней прилагалось (или на ней было написано) пожелание удачи, то верен второй вариант.