Окси́морон и оксю́морон — это произносительные варианты одного слова, объединяет их значение. Разное произношение отражается в написании: ударный звук [и] передается буквой и, ударный звук [у] — буквой ю. Варианты произношения равноправны, то есть можно произносить и писать и окси́морон, и оксю́морон.
Нет, это не однокоренные слова.
Что Вы называете семантическими отношениями морфем?
Подобное правило (которое считается нарушением морфологического приципа орфографии) звучит так: Написание только двух согласных там, где морфологически должно быть три: ванная = ванн-а + н; ссудить = с + ссуд-а и т. п. Написание двух (а не трех) одинаковых согласных подряд в словах типа ванная, ссуда объясняется тем, что в русском языке есть только две степени долготы согласных: согласные могут быть либо долгими (что на письме передается написанием двух букв, ср. касса), либо недолгими (что передается написанием одной буквы, ср. коса). Третьей степени долготы согласных не существует, поэтому написание трех одинаковых согласных (*ваннная, *сссуда) фонетически бессмысленно.
Примечательно в этом смысле причастие воз + жженный, орфография которого претерпевала долгие колебания. Заметим, что звук \з\ перед следующим \ж\ в этом слове заменяется звуком \ж\ и для передачи долгого, или, иначе говоря, двойного \жж\ достаточно двух букв — зж. Именно в таком — фонетическом — написании (возженный) и зафиксировано это слово в "Толковом словаре русского языка" под ред. Д. Н. Ушакова (1935-1940). Однако позже возобладало морфологическое написание (возжженный), принятое в современных словарях.
Ударение на И: яИчники, допустимо произношение [чн] и [шн].
Возможны оба варианта. Запятая ставится, если определение имеет значение пояснительное и конкретизирующее (это также выражается интонацией). Если такого значения нет, запятая не нужна.
