Корректно с запятыми: В сундуке, кроме толстого слоя пыли и старых тряпок, ничего не оказалось. Сейчас рекомендуется выделять запятыми обороты с предлогом кроме независимо от значения предлога.

Для обоснованного ответа на вопрос нужно знать предыдущий контекст предложения.

Подобные примеры не представлены в справочниках, но полагаем, что здесь можно действовать по аналогии со случаями употребления деепричастного оборота, однородного с необособленным обстоятельством, сравним примеры в примечании 6 к параграфу 20.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: …Вдруг завопила она раздирающим воплем  и залившись слезами (Дост.); Остановив Власову, он одним дыханием  и не ожидая ответов  закидал её трескучими и сухими словами (М.Г.). Таким образом, Вы корректно поставили знаки препинания в предложении.

Сочетание в этой связи не требует выделения запятыми. Заметим, что в приведенном контексте, в котором речь идет о причинно-следственной связи, более уместно употребить вместо него сочетание в связи с этим (см. «Словарь-справочник трудностей русского языка»), но и оно не обособляется. Рекомендуется для лучшего восприятия разделить предложение на два: По состоянию на 04.04.2025 денежные средства от Специализированного отдела судебных приставов по г. Москве ГМУ ФССП России в счет оплаты задолженности по решению Арбитражного суда города Москвы по делу № 123456 не поступали. В связи с этим денежные средства, перечисленные в бюджет города Москвы по платежному поручению, указанному в обращении, учтены на финансово-лицевом счете Договора в соответствии с назначением платежа.

В данном случае слово заверяю действительно употреблено в значении вводного, оно служит для привлечения внимания адресата и требует выделения запятыми.

Рекомендация нашего «Справочника по пунктуации» состоит в том, что присоединяемые предлогом «начиная с», обычно обособляются. Обособление не требуется, если предлог «начиная с» в буквальном смысле указывает на время, дату начала чего-либо (при этом слово «начиная» обычно можно опустить). Следовательно, в данном случае правильный вариант: Все члены ряда, начиная с пятого, больше нуля.

В этом предложении имя собственное является подлежащим, его не нужно обособлять.

Обычно в научных текстах слова, которые выступают в роли примеров, выделяются курсивом. Значение слова предпочтительно выделять марровскими кавычками. Корректно оформлять так: 

Слово homme в средневековых текстах может означать 'человек', а может — 'мужчина'. Поэтому в тех случаях, когда автор использует формулу si un homme, а не прописывает подробно (si un homme ou une femme — 'если какие-либо мужчина и женщина...'), необходим терминологический анализ.

Лучше использовать шрифтовое выделение, например курсив: «Обязательно используйте букву ё, если непонятно, какое слово вы имели в виду — всё или все».

В таких случаях всё зависит от общего контекста и связанного с ним  авторского замысла. Обособление имени собственного придает ему характер попутного замечания. Так, в предложении Жена Михея, Дарья, жила с нашей матерью на квартире хозяина Михея обособление имени собственного Дарья показывает, что имя жены Михея совершенно неважно для общего понимания ситуации. То же и в других приведенных примерах.