Лучше: точек, которые...
Правильно: количество судов на линии, необходимое для освоения грузопотока.
Оба варианта грамматически корректны, но имеют разное значение.
В первом варианте слово количество относится к слову указание: с указанием чего? — количества. Но при таком употреблении возникает двусмысленность: грамматически словоформу количества можно отнести и к срокам: сроков чего? — проведения и количества. Полагаем, что связи между словами должны быть понятны по смыслу, но можно предотвратить грамматическую неоднозначность, переставив местами компоненты предложения: с указанием количества кандидатур и сроков проведения.
Второй вариант правилен, если слово количество относится к слову информация: информация о чем? — о программах... и количестве кандидатур.
Верен второй вариант.
Правильно: количество заключённых договоров.
Да, такой перенос допустим.
Предпочтителен вариант с родительным падежом.
Верно: Количество не закрытых по техническим причинам заявок.
Разница стилистическая: слово "число" в этом значении носит разговорный оттенок.