Пунктуация верна. В этом предложении нужна одна запятая – после слова добродетель. Деепричастие, имеющее в качестве зависимого слова союзное слово который в составе определительной придаточной части сложноподчиненного предложения, от придаточной части запятой не отделяется; запятая ставится только перед деепричастием.

Если имеются в виду уже пожелтевшие лучи, то корректная пунктуация: Но лето заканчивается, а я стою и слушаю, как звучно ветер колышет березовую листву, наблюдаю, как солнечные лучи пробиваются через листья и, уже пожелтевшие, падают мне на голову.

Такая расстановка верна, если слова с кофе Carte Noire относятся к придаточному что осталось за кадром. Если слова с кофе Carte Noire относятся к главному предложению (= узнай с кофе Carte Noire, что осталось за кадром), нужна запятая после слова кадром.

Деепричастие ждя существует, но употребляется несвободно (например, у Маяковского есть рифма ждя – вождя). Иными словами, эта форма грамматически верна, но при употреблении наталкивается на некоторое сопротивление в языковом ощущении говорящих и пишущих. На практике используется форма деепричастия глагола ожидать – ожидая.

Правильно: настоянный – настояна.

Пунктуация верна. В первой части между подлежащим и сказуемым допустимо тире. Однако, на наш взгляд, в контексте всего предложения тире излишне, так как оно будет акцентировать внимание на сказуемом в первой части, которое отрицается, а главную информацию несет на себе вторая часть, утвердительная. 

Пунктуация верна. Однако в третьем предложении, на наш взгляд, более подходящим знаком является тире. Однородные компоненты объявляет арестанта преступником и выносит смертный приговор по смыслу подчинены сочетанию идёт против своей совести, они показывают, что именно совершает прокуратор против совести. Эту смысловую подчиненность, пояснительный характер компонентов можно показать знаком тире.