Да, здесь должно быть с прописной: Пушкинский Дом. Исправлено. Спасибо за замечание!

В подобных случаях название института следует писать в кавычках и не склонять: Учреждение Российской академии наук «Институт серпа и молота», директор Учреждения РАН «Институт серпа и молота».

Запятая между ученым званием и должностью не требуется: юбилей члена-корреспондента РАН, доктора исторических наук директора института Иванова.

Исторически в словах прекратить, прекращать выделяется приставка пре- и корень с чередованием полногласного (исконно русского) сочетания оро и неполногласного (старославянского) сочетания ра. В таких корнях написание определяется проверкой (кра́ткий) или указанием на однокоренное слово с полногласием (короткий). Подробнее об этом см. на ресурсе «Орфографическое комментирование русского словаря».

Но при разборе слова по составу не с исторической точки зрения, а с точки зрения современного русского языка нужно выделить в глаголах прекратить, прекращать корень прекрат-, прекращ-. В современном языке живые словообразовательные связи между прекратить и краткий потеряны, значение слова прекратить сейчас нельзя объяснить через значения этого корня и приставки пре-.

Такая формулировка вполне корректна.

Запятую принято ставить, хотя пунктуационных оснований для этого нет. Постановка запятой объясняется влиянием европейской эпистолярной традиции.

Верно: Награждается Иванов Иван Иванович, водитель предприятия Х (город У), за многолетний добросовестный труд. Директор предприятия Х Петров Петр Петрович (точка после подписи не требуется).

Пунктуация зависит от смысла:

Настоящим подтверждается, что Иванов Иван Иванович, генеральный директор ОАО «Алмаз», с 01.04.2014 является членом партии (подтверждается, что Иванов – член партии с 01.04.2014).

Настоящим подтверждается, что Иванов Иван Иванович, генеральный директор ОАО «Алмаз» с 01.04.2014, является членом партии (подтверждается, что Иванов – член партии, а дата относится к названию должности: он генеральный директор с 01.04.2014).

Обратите внимание: название должности генеральный директор пишется строчными; слово года не пишется, если дата указывается цифрами. Или: с 1 апреля 2014 года.

Верно.

В приведенном Вами примере запятая перед прошу не ставится. Но знак понадобится, если перед прошу окажется конструкция, которую нужно будет выделить запятыми. Например: Уважаемый Иван Иванович! В связи с тем, что требуется уточнение информации, прошу Вас направить в наш адрес необходимые сведения.