Ответ содержится уже в самом Вашем вопросе: производные предлоги типа в отношении (кого/чего), в соответствии (с кем/чем) и др. образовались в результате того, что предложное значение приобрели застывшие формы именно предложного падежа существительных отношение и сооответствие, тогда как -е на конце предлога в течение указывает на то, что в его основе лежит форма винительного падежа существительного течение.  

Да, такие сочетания называют мёртвыми метафорами. См.: 

Ричардс, Ай­вор  А. Фило­со­фия ри­то­ри­ки / А. А. Ричардс ; пер. с англ. Р. И Ро­зи­ной // Тео­рия ме­та­фо­ры / вступ. ст., сост. Н. Д. Ар­утю­но­вой ; пер. под ред. Н. Д. Ар­утю­но­вой и М. А. Жу­рин­ской. – М., 1990. – С. 44–67. 

"Разрешите мне теперь привести пример простейшей, всем знакомой метафоры ножка стола. Мы называем эту метафору мертвой, но она очень легко оживает. Чем отличается она от использования слова в прямом или буквальном значении в та­ком, например, выражении, как нога лошади*.
/* В английском языке, в отличие от русского, вместо двух слов ножка и нога есть лишь одно слово leg — Прим. перев./
Очевидное раз­личие состоит в том, что ножка стола обладает лишь несколькими признаками из числа тех, которыми наделена нога лошади. Нож­ки стола не ходят, они только поддерживают его. В подобных случаях мы называем общие признаки основой метафоры. В приведенном примере мы легко находим основу метафоры, но очень часто это оказывается невозможным. Метафора способна прекрасно работать и тогда, когда мы не можем судить о том, как она работает или что лежит в основе переноса.
<…> Вернемся снова к примеру со словом нога. Мы замечаем, что даже здесь границу между буквальным и метафорическим употреблением слова нельзя считать полностью стабильной или постоянной. В каких случаях это слово используется буквально? У лошади есть ноги в буквальном смысле этого слова, так же, как и у паука. Но что сказать о шимпанзе? Сколько у него ног — две или четыре? А морская звезда? Что у нее — руки, ноги или не то и не другое? А если у человека деревянная нога, что имеется в виду — нога в метафорическом или в буквальном смысле? Можно ответить, что здесь сочетаются оба смысла. С одной точки зрения, слово нога используется в буквальном смысле, а с другой —в метафорическом. 
Слово может одновременно вы­ ступать в своем прямом и метафорическом значениях, так же как на основе этого слова может быть одновременно создано несколько метафор или же в одном значении сливаться несколь­ко. Этот тезис представляется нам крайне важным, поскольку очень часто неверные теории возникают из-за убеждения в том, что, если слово функционирует каким-то одним образом, оно не может в то же самое время функционировать по-другому и иметь одновременно разные значения.

«Справочник по пунктуации», размещенный на нашем портале, составлен на основе тщательного изучения большого корпуса научной и словарно-справочной литературы, а также исследования примеров из классической и современной художественной литературы. Это исследование позволило пересмотреть некоторые рекомендации относительно пунктуационного оформления тех или иных слов и сочетаний. Авторы справочника сталкивались с такими ситуациями, когда слова, обычно описываемые как вводные, на практике почти никогда не обособлялись, и наоборот.

Наличие во второй части обстоятельства в устьях некоторых рек и в отдельных заливах (оно относится ко всей грамматической основе, то есть представляет собой детерминант) говорит о том, что эта часть действительно является неполным предложением. Без этого обстоятельства мы бы имели дело с присоединительной конструкцией, сравним: Каждый день в этом месте уровень океанских вод поднимается и снижается, причем на несколько метров.

1. Корректно: Кофе, заваренный альтернативными методами (вариант „альтернативный“ кофе, несомненно, относится к разговорным). 2. Это наименование пока что не зафиксировано нормативными словарями, поэтому ни один из вариантов написания нельзя считать ошибочным. 3. Ответ на этот вопрос стоит поискать в специальных терминологических стандартах. С точки зрения обычая употребления кофейным напитком называют заменитель кофе — продукт, созданный на основе злаковых культур.

Тенденция и складывается на основе объективных причин. Так, тенденция к несклоняемости топонимов типа Пушкино или Пулково объясняется тем, что из косвенных форм нелегко вывести начальную форму: в Пушкине — это в городе Пушкино или в городе Пушкин? Этим же объясняется, на наш взгляд, и тенденция к несклоняемости первой части двусловных наименований в принципе: в Гусь-Хрустальном (не в *Гусе-Хрустальном), в Усть-Илимске и т. п.

Различие между этими терминами можно увидеть, обратившись, например, к энциклопедии «Русский язык» (статьи «Фразеологизм», «Пословица», «Поговорка» написаны А. Н. Барановым и Д. О. Добровольским).

Фразеологизм — общее название для устойчивых словосочетаний или предложений, обладающих семантической или синтаксической нерегулярностью и имеющих смысл, не выводимый из смысла составляющих их слов. К фразеологизмам относят идиомы, коллокации, пословицы, поговорки; выделяется также разряд крылатых слов.

Пословица — фразеологизм со структурой предложения, имеющий в своем значении идею всеобщности, выражающий рекомендацию (совет, нравоучение или запрет) или объясняющий обсуждаемое положение дел.

Поговорка тоже имеет структуру предложения и часто осмысляется как в чём-то «ущербная» пословица.  Пословицы обладают большей речевой самостоятельностью и большей независимостью от ситуации и контекста, чем поговорки. Например, пословица Цыплят по осени считают уместна в любой ситуации, где говорящий считает себя вправе давать совет, ср. поговорку старость не радость, которая представляет собой реакцию на какие-то физические или умственные затруднения, связанные с возрастом одного из участников ситуации общения.

Узнать, употребляется ли то или иное слово в письменной речи, то есть выяснить практику употребления, можно в Национальном корпусе русского языка www.ruscorpora.ru

Если слова не зафиксированы нормативными словарями, но при этом образованы по регулярным словообразовательным моделям на основе нормативных компонентов, то такие слова, как правило, также нормативны. Но всегда перед их использованием следует обратить внимание на возможные синонимичные средства, которые могут иметься в словарях.

Да, такие справочники есть. Один из самых полных: Словарь сочетаемости слов русского языка / Под ред. П. Н. Денисова, В. В. Морковкина. – 3-е изд., испр. – М., 2002. Среди онлайн-справочников – noun.php" target=blank>Словарь глагольной сочетаемости непредметных имен русского языка (это один из экспериментальных словарей, созданных на основе Национального корпуса русского языка с участием сотрудников Отдела корпусной лингвистики и лингвистической поэтики Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН).