Ватикан — это все-таки не город. Поэтому корректно: в Ватикане.
В словаре отмечено, что это существительное среднего рода.
Запятая перед тире в подобных случаях нужна.
Эта фраза вполне в стилистике разговорной речи. Такое сочетание возможно в непринужденном общении.
1. Воспользуйтесь окном «Искать на Грамоте». 2. Правильно.
Корректно: Приказом установлена зона санитарной охраны скважины № 95 — подземного источника питьевого водоснабжения АО «Муссон», расположенного в Гагаринском районе города Севастополя; Приказом установлена зона санитарной охраны скважины № 95 (подземного источника питьевого водоснабжения АО «Муссон»), расположенной в Гагаринском районе города Севастополя.
Правилен первый вариант. Название города Хива освоено и поэтому в сочетании со словом город склоняется. Ср.: Так наконец мы проникли настолько внутрь города Хивы, что оказались в самой Хиве, той, что является ее красой и славой, той, что является Хивой для всех нехивинцев… (А. Битов. Обоснованная ревность); Устроив Ханом в комнате, Чагатаев ушел наружу и до вечера ходил по городу Хиве... (А. Платонов. Джан).