Запятая нужна: Агент, бывший в употреблении.

Авторские слова, вводящие прямую речь, следует начать с глагола:
— Вряд ли всё было так, — попыталась она остановить друга от дальнейшего обсуждения.

Для решения о пунктуационном оформлении текста важно, что эти слова содержат мотивировку поведения одного персонажа (попыталась остановить). Следующее далее описание ситуации, поскольку в нем идет речь уже о действиях разных персонажей, уместно начать с нового абзаца. Глаголы типа посмотреть, нахмуриться и т. п. могут использоваться в качестве вводящих прямую речь и сопровождаться двоеточием:

*Еще что-то про описание ситуации и действия героев в перерыве между словами, 2–3 предложения или больше*. Затем осуждающе посмотрела на него:
— Ты такой сплетник.

См. в пособии Е. И. Литневской.

Эти имена нужно писать с большой буквы. Верно: Гиппократ.

Правильно: в изучении, в покорении. Однако в поэтической речи возможна замена: в изученье, в покоренье. Так что ошибки нет. Отметим также, что правилами допускается и поэтический вариант в изученьи, в покореньи.

Существительные с неодносложной основой муж. и сред, рода на -ий и -ие в предл. п. и жен. рода на -ия в дат. и предл. п. ед. ч. имеют в безударном положении, в отступление от обще- го правила, окончание -и, а не -е, напр.: гений — о гении, натрий — о натрии, радий — о радии, Василий — о Василии, Юрий — о Юрии, отделение — в отделении, возвращение — по возвращении, содействие — при содействии; армия — к армии, об армии; линия — по линии, на линии; станция — к станции, на станции; Болгария — по Болгарии, в Болгарии; Мария — к Марии, о Марии. При наличии вариантов на -ие и -ье, -ия и -ья указанные падежные формы имеют разные окончания -и и -е: ср., напр., вариантные пары типа об умении — об уменье, в цветении — в цветенье, о многословии — о многословье, о Наталии — о Наталье, к Марии — к Марье. 

Примечание. В художественной, особенно поэтической, речи допускается написание форм предл. п. существительных сред, рода на -ье (обычно при предлоге в) с окончанием -и, напр.: В молчаньи шел один ты с мыслию великой(П.); Подвиг есть и в сраженьи, / Подвиг есть и в борьбе. / Высший подвиг — в терпеньи, / В любви и мольбе (Хом.); И снег соперничал в усердьи/ С сумерничающею смертью (Б. Паст.); «В очарованьи» (название стихотворения И. Северянина); Птицы кричат в поднебесьи, / Сердце стучит в подреберьи (В. Долина). Под ударением окончание предл. п. -и отмечается только у одного слова на -ье: забытьё — в забытьи́.

Вы правы, конструкция не вполне верная.

В первом предложении запятая не требуется, это простое предложение с однородными сказуемыми.

В предложении о Гагарине запятая нужна, так как это сложное предложение. Подлежащие здесь: Гагарин и он. Но следует сказать, что в целом предложение составлено некорректно (местоимение он обычно указывает на ближайшее существительное мужского рода, а это существительное космос, а не Гагарин). Фразу следует перестроить.

В данном случае корректен только один вариант написания: моя ундина (со строчной буквы и без кавычек). Здесь слово ундина — синоним слова русалка. Постановка/непостановка кавычек зависит от контекста, в котором Вы собираетесь употребить это слово. Например: девушка, которую Печорин зовет "ундиной". Здесь кавычки будут служить маркером чужих слов. 

В том же параграфе «Однородные и неоднородные приложения» в справочнике Д. Э. Розенталя «Пунктуация» есть небольшое примечание: «Неоднородные приложения, стоящие перед определяемым существительным, становятся однородными в положении после определяемого слова». Таким образом, запятая не ставилась бы, если бы фамилия стояла в конце, после указания должности и званий. А в рассматриваемом контексте запятая нужна.