Не существует языковой нормы, регулирующей подобный счет. Определяя сроки, во избежание недопонимания нужно указывать конкретную дату.

Статья по политологии в журнале не является официальным документом, поэтому название должности следует писать со строчной буквы: президент РФ.

Корректно: в 1990–2000-е годы.

Если имеется родовое слово, то правильно не склонять: из города Колпино. Если же родового слова нет, то возможны оба варианта, склоняемый и несклоняемый: в Колпино и в Колпине. В "Письмовнике" приводится подробная статья "Как склонять географические названия?".

К сожалению, приходится констатировать, что в надписи на памятнике допущена грубая орфографическая ошибка. Без вести всегда пишется раздельно.

Словарь Д. Н. Ушакова и ранние издания словаря С. И. Ожегова отражают состояние литературного русского языка полувековой давности. Согласно "Толковому словарю русского языка" С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой (М., 2006): золото – монеты или изделия из этого металла. Гимнастам на чемпионате досталось золото. Аналогичные примеры: Российским гимнастам досталось серебро. Спортсмену досталась бронза.

Вряд ли можно говорить в данном случае о приоритете орфографического словаря, потому что речь идет не об орфографии слова, а о его грамматических характеристиках. Вернее будет сказать, что разнобой в словарях отражает реальную конкуренцию вариантов: внешний облик аббревиатуры ЮНЕСКО (она не склоняется, оканчивается на гласную) подсказывает средний род, а опорное слово организация – женский род. Так что варианты действительно возможны. Чаще ЮНЕСКО используется как слово женского рода.

Верно, в этих случаях обособляются придаточные предложения. Постановка запятой перед тире в подобных случаях (когда запятая ставится по одному правилу, а тире по другому) предполагается русской пунктуационной нормой. См., например, параграф 156 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.