Процесс «срастания» нескольких морфем в одну морфему называется опрощение. Опрощение не происходит одномоментно: вчера были приставка и корень, а сегодня стали одним корнем. Поэтому на вопрос, в какой момент произошло опрощение в том или ином слове, ответить в принципе невозможно. Язык меняется постепенно, со сменой поколений его носителей.

Кое-кто (в основном люди постарше и начитанные дети), конечно, чувствуют связь слова недоразумение со словами ум, разум, знают о существовании приставки недо- (которая, кстати, тоже появилась в результате опрощения). Но чтобы выделить корень и подобрать однокоренные слова, недостаточно просто найти слова с похожими звуковыми фрагментами, нужно еще объяснить связь по значению. Иначе говоря, общий корень – это еще и общий семантический компонент. Слова дом, домовой, домик, домишко обладают общим корнем дом, т. к. тем или иным способом соотносятся по значению со словом дом: домовой – добрый или злой дух, живущий в доме, домик – это маленький дом и т. д.

Значение слова недоразумение трудно свести к разуму. Вот словарные толкования: 1) ошибочное, неполное понимание чего-л.; то, что произошло в результате такого понимания; 2) отсутствие взаимного понимания, несогласие; конфликт. А слово разуметь, как Вы правильно заметили, не является частотным в языке. Утрата языком производящего или однокоренного слова, наряду с утратой смысловых связей между когда-то однокоренными словами, часто становится причиной опрощения.

То, что часть носителей языка еще ощущает смысловую и структурную связь слов разум, ум, разуметь, разумение, недоразумение, говорит о том, что процесс опрощения еще не завершен. 

Если есть желание подчеркнуть иностранное происхождение имени (клички), то правильно будет сохранять в корне ё или даже писать его через йо: (без) Ёжа или Йожа, (к) Ёжу или Йожу, (с) Ёжем или Йожем, (о) Ёже или Йоже. Если есть намерение русифицировать имя, то склонять его можно так же, как слово ёж. 

1. Вводное слово обычно не отделяется знаком препинания от присоединительного союза, стоящего в начале предложения.

2. Ваша пунктуация корректна.

Ударение на последнем слоге: дорога.

Нет, это не исключение. По правилам нужно склонять.

Корректно написание без дополнительного знака препинания: заведующий отделением врач-трансфузиолог такой-то.

В восклицательных предложениях верно: Что только не напишут!

Возможны оба варианта.

Грамматический род и биологический пол не связаны между собой.  О молодняке любого пола можно сказать в ед. ч.: сеголеток и сеголетка. Точно так же не отражают пол и варианты мн. ч. р. п.

В значении 'занятие, ремесло' правильно только промысел. В значении 'провидение' правильно: промысел и промысл, Промысел Божий и Промысл Божий.

В документах лучше: заведующий складом Иванов и заведующий складом Петров назначены...