Произносим твердо, а пишем букву е, а не э — такова закономерность русского письма. Ср.: партер, темп, термос, спрей, модель и др. Не в начале корня после согласных буква э пишется для передачи гласного э и одновременно для указания на твердость предшествующего согласного только в немногих нарицательных словах иноязычного происхождения. Раньше их было совсем мало (мэр, пэр, сэр), в последние годы список исключений расширился (ср.: сэндвич, фэнтези, фэншуй и др.). Но всё-таки языковеды пытаются максимально сдерживать этот процесс и подавляющее большинство новых заимствований кодифицируют в словарях в написании через е, например: бренд, тренд, лейбл, секонд-хенд, хештег и многие другие. 

Мы говорим не о выборе формы единственного или множественного числа существительного, а о склонении компонентов составного слова. Части сложносоставных наименований юбка-карандаш, платье-футляр согласуются в падеже и числе, поэтому в форме винительного падежа ед. числа верно: юбку-карандаш. Но: в нашем магазине продаются юбки-карандаши (а в соседнем, зоологическом, – рыбы-молоты).

Запятую ставить не нужно.

Грамматически формы множественного числа у этих слов есть, но не употребляются.

Запятая нужна, она закрывает придаточное предложение.

Плаги́н (от англ. plug-in) — независимо компилируемый программный модуль, динамически подключаемый к основной программе, предназначенный для расширения и/или использования её возможностей. Также может переводиться как «модуль». Плагины обычно выполняются в виде разделяемых библиотек.

Слова манекенщик, манекенщица, конечно, есть в литературном языке. Но значение слова манекенщик – 'тот, кто показывает одежду новых фасонов, надевая её на себя'. Работа модели не обязательно связана с показом одежды (возможно, речь идет о модели для фотосессий, съемок).

Синтаксическими синонимами могут быть разные типы словоформ в одинаковой синтаксической функции (по ягоды – за ягодами), разные синтаксические модели предложения (Я прочел книгу – Книга прочитана мной), а также предложения, составляющие вариативный ряд по отношению к основной модели (Мы решили – Мы приняли решение и т. д.).

Возможный вариант: «Исполнитель предоставляет Заказчику актуализированные схемы водоснабжения и водоотведения, в том числе входящие в их состав актуализированные электронные модели систем водоснабжения и водоотведения. Актуализированные схемы водоснабжения и водоотведения и актуализированные электронные модели систем водоснабжения и водоотведения по составу и содержанию должны соответствовать Правилам и Требованиям, утверждённым постановлением Правительства России от 05.09.2013 № 782, а также требованиям настоящего технического задания».