Словарные рекомендации пока что именно таковы: в причастии ту́шенный (в отличие от прилагательного тушёный) ударение падает на первый слог. 

Оба варианта корректны.

В большинстве случаев слово одна избыточно, достаточно просто тысяча. Если речь идет о числах, вариант одна тысяча используется лишь при особой необходимости, во избежание ошибки (например, в финансовых документах) или для максимальной точности (например, в математических примерах). Корректно: к тысяче прибавить и (если нужна максимально точная формулировка) к одной тысяче прибавить.

В этом предложении нужно обособить определительный оборот укрытый одеялом: он отделен от определяемого существительного мальчик другими членами предложения. Что касается сочетания с компрессом на шее, то, вообще говоря, оно может быть и обстоятельством образа действия, и несогласованным определением. В приведенном предложении его соседство с глаголом лежал говорит о том, что это обстоятельство (сравним: Мальчик с компрессом на шее пытался нам что-то сказать — здесь то же сочетание играет роль определения при существительном). Это обстоятельство не требует обособления, но может быть обособлено для попутного пояснения или смыслового выделения (см. параграф 74 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Таким образом, в предложении возможно два варианта постановки знаков препинания:

• В кровати, укрытый одеялом, с компрессом на шее лежал мальчик.
• В кровати, укрытый одеялом, с компрессом на шее, лежал мальчик.

В этом предложении знаки препинания ставить не обязательно: Внутри меня решение стоять или идти; при наличии паузы возможно тире между обстоятельством и подлежащим: Внутри меня — решение стоять или идти. Если автор считает часть стоять или идти пояснением к существительному решение, то перед ним нужно поставить тире (см. параграф 82 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Внутри меня решение — стоять или идти. При подчеркнутом пояснении возможно двоеточие: Внутри меня решение: стоять или идти. 

Если однородные подлежащие соединены союзом как... так и..., сказуемое ставится в форме множественного числа: Ей нравились как Саша, так и Паша. Союз как... так и... состоит всегда из двух частей, иное количество частей в нем невозможно.

Нужно выделить с двух сторон деепричастный оборот, в остальном пунктуация верна: — Он спит, — захотела Гаяна отмахнуться от ночного гостя, но, узнав его суровый проникающий взгляд, повернулась и пошла обратно к кровати.

Возможны варианты: с мягким [c'] и твердым [с]. Первый вариант предпочтительнее.

Именно такое написание имени сказочного персонажа — Муха-Цокотуха — и является сейчас нормативным, оно зафиксировано в академическом орфографическом словаре, размещенном на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН. Ранее «Русский орфографический словарь» РАН рекомендовал написание Муха-цокотуха, но теперь эта рекомендация изменена.

Тире здесь допустимо, но эталонным, образцовым знаком будет всё же двоеточие.