Запятая ставится, поскольку общего члена предложения на самом деле нет.

Это сложные предложения с прямым вопросом, в них кавычки не нужны: 

Разумеется, возникает вполне логичный вопрос: почему именно в последние 10–15 лет так много говорится о медицинской практике, основанной на принципах доказательности, почему сегодня это направление одно из самых перспективных в медицине?

Когда между группой случаев в контрольной группе установлено различие по частоте встречаемости фактора риска, необходимо задать вопрос: действительно ли уровень встречаемости фактора, наблюдаемый в контрольной группе, ожидаемый среди всего населения? Или вопрос можно задать по-другому: могут ли представители данной контрольной группы иметь к изучаемому фактору необычно высокий или низкий уровень подверженности, существенно отличающийся от всего населения, в отношении которого проводится исследование?

О таких предложениях писал Д. Э. Розенталь: «Двоеточие ставится перед прямым вопросом, включенным в состав бессоюзного сложного предложения: Спрашивается теперь: что же делало наше общество в последние 20–30 лет? (Доброл.); Одного только я не понимаю: как она могла тебя укусить? (Ч.); До сих пор удивительным и неразгаданным остается: кто же в эту роковую ночь дивизионную школу снял с караула? (Фурм.); Я прошел к калитке по мокрой траве, испытывая тревогу: кто же рассмотрит первый трактор в таком непроглядном тумане? (Перв.)».

В "Справочнике издателя и автора" А. Э. Мильчина рекомендуется использование тире, а не дефиса для обозначения ненумерованных элементов перечня (так называемых "подпунктов 2-й ступени").

Сведения об ударении и грамматических формах слова можно найти в наших электронных словарях (в окне «Проверка слова» набрать приведенные слова).

1. Слова квантиль, квартиль мужского рода. Остальные два слова пока не зафиксированы в словарях. 2. Женского и среднего рода. 3. Правильно в род. п.: нет сети. В предложном падеже: о сети, с предлогом В верны оба варианта ударения: в сети, в сети (см. в словарях «Проверки слова»). 4. Спасибо за замечание, опечатку исправили.

Практика письма показывает, что обороты с предлогом исходя из чаще выделяются запятыми. Чаще, но далеко не всегда. Нередки в современной письменной речи и случаи необособления данного оборота. Это как раз и говорит о факультативности постановки здесь запятых, о том, что каждый пишущий (и каждый сотрудник «Справочного бюро», отвечающий на данный вопрос) принимает решение о постановке / непостановке запятых, ориентируясь на собственный языковой вкус.

К сожалению, Вы ошибаетесь. Сочетания родовых и видовых наименований в русском языке очень частотны: город Москва, месяц июнь, сеть Интернет, животное корова и т. д. Выражение июнь месяц неграмотным не является. Более того, это и подобные выражения получают фиксацию в словарях русского языка: http://gramota.ru/slovari/dic/?word=*%EC%E5%F1%FF%F6&all=x

Также должны заметить, что Песнь царя Соломона принято именовать именно так: Песнь песней.

Видимо, это выражение вызывает у Вас ненависть, поскольку носит оттенок официально-делового стиля, канцелярской речи. В живой звучащей речи (особенно в ситуации непринужденного общения) употребление этого выражения, действительно, зачастую неуместно, лучше говорить сегодня, в настоящее время. Но в письменной речи его употребление корректно: сочетание на сегодняшний день зафиксировано словарями русского языка и нарушением литературной нормы не является. Так что беспощадно вычеркивать его не стоит :)

Термин психологов токсичный уже покинул, если можно так выразиться, ряды малоупотребительных неологизмов и получил сравнительно широкую известность. Необходимости использовать кавычки при написании этого слова нет. 

Согласны, слитное написание более логично. Вероятно, составители руководствовались сложившейся практикой письма при внесении дефисного варианта в словарь.