Запятая нужна. В данном случае как вы считаете — вводная конструкция, указывающая на источник сообщения. Сравним: Как вы считаете, почему это произошло?; Почему, как вы считаете, это произошло?; Почему это произошло, как вы считаете? Возможность занимать разные позиции в предложении подтверждает вводный характер конструкции.

Выделение пояснительных конструкций запятыми, конечно, корректно, однако в случае, если в состав пояснительной конструкции включена вводная, лучше обозначить границы пояснительной конструкции с помощью тире: ...а Таузенду — алхимику и пророку изящных господ, как зовёт его Вернер Рихтер, — удалось надуть не абы кого, а самого Людендорфа, отставного генерал-квартирмейстера Вильгельма II.

Это не вводная, а вставная конструкция, которая содержит дополнительную информацию. (Вводные конструкции выражают отношение говорящего к сообщаемому или указывают на источник информации.) Вставные конструкции выделяются скобками или парными тире: Однажды (было это в конце мая) мы сидели на крыльце и ожидали ужина; Однажды — было это в конце мая — мы сидели на крыльце и ожидали ужина.

Мы переадресуем этот вопрос составителям словаря.

Можно поставить тире перед "не знаю" (вместо запятой).

Действительно, в данном случае вводная конструкция, указывающая на источник сообщения, включает причастный оборот: по гипотезе, предложенной учеными. Знаки препинания внутри вводных конструкций ставятся на общих основаниях. Если автору или редактору представляется, что использование запятых делает предложение недостаточно ясным по смыслу, вводную конструкцию можно оформить как вставку: Примечательно, что гибель Содома — по гипотезе, предложенной учеными, — может быть связана со взрывом астероида над городом Телль-эль-Хаммам.

В этом предложении есть частица ну и: она употребляется в начале реплики, содержащей вопрос, который вытекает из сказанного собеседником, и часто придаёт вопросу снисходительный оттенок (см. «Большой универсальный словарь русского языка»). Тире после первой части высказывания в таком случае уместно: Ну и как ты думаешь — стал я человеком? Без частицы в предложении содержалась бы вводная конструкция, выделяющаяся запятой: Как ты думаешь, стал я человеком?

Это предложение вне контекста может быть понято по-разному, и в зависимости от смысла в нем возможны варианты постановки знаков препинания, например:

• Я думаю, потому, что это позволяет больше их [очевидно, ошибки] не допускать (предложение отвечает на вопрос Почему ты это [действие названо в контексте] делаешь?; я думаю — вводная конструкция, подчеркивающая субъективность говорящего);
• Я думаю, потому что это позволяет больше их не допускать (сложноподчиненное предложение с придаточным причины; главная часть отвечает на вопрос Что ты делаешь?, придаточная — на вопрос Почему ты думаешь?).

Запятую после союза но поставить нужно, потому что как говорил известный политический деятель Махатма Ганди — это вводная конструкция с указанием на источник сообщения. Обратите внимание, что прямая речь не оформляется с помощью вводной конструкции и корректным будут следующие варианты постановки знаков препинания: Он получил наказание за нарушение устава, но, как говорил известный политический деятель Махатма Ганди, дела совести не решаются большинством голосов; Он получил наказание за нарушение устава, но, как говорил известный политический деятель Махатма Ганди, "дела совести не решаются большинством голосов".