Вероятно, ненормативный характер носит проект, поэтому корректно: Департамент рассмотрел проект приказа Министерства, подготовленный в рамках исполнения мероприятия «АБВГД» внутреннего (локального) проекта и носящий ненормативный характер.

Нужно уточнить у составителей Орфографического словаря (сделаем в ближайшее время). В большинстве случаев сочетания типа "чисто + название материала" пишутся слитно.

Определения являются однородными и разделяются запятыми, если стоят после определяемого существительного (в этом положении каждое из определений непосредственно связано с существительным и имеет одинаковую смысловую самостоятельность). Вот аналогичные примеры: Я видел женщину молодую, прекрасную, добрую, интеллигентную, обаятельную (Ч.); Я буду тогда обладать истиной вечной, несомненной (Т.).

Исключениями являются терминологические сочетания, например: астра ранняя махровая.

Наталия и Наталья – это варианты одного и того же имени. С юридической точки зрения важно, чтобы во всех документах конкретного человека написание было единообразным (либо только Наталия, либо только Наталья).

Запятая не нужна: пояснительный оборот разные научные основания для орфографической кодификации обособляется вместе с вводным словом например.

При выборе написания нужно следовать рекомендациям академического орфографического словаря. С ними можно познакомиться с помощью академического орфографического ресурса «Академос» или ресурса нашего портала «Проверка слова». Употребление буквы е вместо ё регулируется особыми правилами, см., например, полный академический справочник «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.  

Запятая перед тире нужна, чтобы закрыть придаточную часть что бронирование раздельное. Впрочем, между частями бессоюзного сложного предложения гораздо более уместным будет поставить двоеточие, поскольку во второй части названа причина того, о чем говорится в первой: Вероятно, это связано с тем, что бронирование раздельное: авиакомпании разные.

В данном контексте корректно раздельное написание, т. к. подчеркивается отрицание.

Первая часть сложных слов фото... пишется слитно: фотозона.