Корректно: Производство и переработка зерновых и масличных культур  стали трендовыми направлениями работы агросектора в республике. Растут их урожайность и валовой сбор, а регион стабильно занимает лидирующие позиции в экспорте растениеводческой сельхозпродукции.

Здесь авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение. Такой случай приведен в примечании 2 к параграфу 48 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя. Корректен второй из приведенных вариантов: 

— Сегодня холодно. — Она отвернулась.

Такая конструкция вполне возможна. Она имеет книжный характер, ср. у А. С. Пушкина в трагедии «Борис Годунов»: «Я слышу речь не мальчика, но мужа». В академической «Русской грамматике» сказано: «Отрицательно-противительное значение взаимного исключения выражается союзом не... а (а не): [Чацкий:] Кто служит делу, а не лицам... (Гриб.); Я говорю не для вас, а для Вани (Некр.); Подарила мне колечко — не золотое, не серебряное, а простое. Резкость противопоставления смягчена в союзе но: не... но (но не): Он был оскорблен не самим признанием, но грубой небрежностью Авдея (Тург.); Эта работа потребует знаний, квалификации, но не физических усилий (журн.)» (Русская грамматика. М., 1980. Т. 2. § 2077).

Слово река можно опустить, если не требуется официальное наименование набережной.

1.1. Продуктивные отложения представлены гравийно-галечным материалом... Слово гравийно-галечный содержится в нормативных словарях, пишется через дефис.
1.2. ...характеризуются как хорошо промывистые. Наречие хорошо с прилагательным пишется раздельно.
2. Поверхность мелкозернистая, мелкоямчатая... Слово мелкозернистый содержится в нормативных словарях, аналогично пишется терминологическое прилагательное мелкоямчатый.
3. Торфы глубокозалегающей россыпи... Слово глубокозалегающий содержится в нормативных словарях, пишется слитно.
Для справки рекомендуем пользоваться Орфографическим академическим ресурсом «Академос».

Оба варианта верны.

Думаем, здесь нужно доверить текст редактору, который определит меру "критичности" в каждом конкретном случае.

Тавтологией называют употребление однокоренных слов в предложении или тексте. Тавтология отнюдь не всегда является стилистической ошибкой. Например, часто встречается она в пословицах и поговорках: Дружба дружбой, а служба службой; Жизнь прожить — не поле перейти; Вольному воля; во фразеологических оборотах: ходить ходуном, битком набит, есть поедом. Намеренное использование однокоренных слов служит средством лексической выразительности в художественной литературе и публицистике: Горьким смехом моим посмеюся (Н. Гоголь); Как ум умен, как дело дельно, // Как страшен страх, как тьма темна! // Как жизнь жива! Как смерть смертельна! // Как юность юная юна! (З. Эзрохи).

В сочетании рассказать рассказ присутствует ошибка, а в сочетании написать (писать) письмо ошибки нет. Это связано со значением слов рассказ и письмо в этих словосочетаниях.

Рассказ ― это то, что рассказывают (см., например «Большой толковый словарь» под ред. С. А. Кузнецова https://gramota.ru/poisk?query=рассказ&mode=slovari&dicts[]=42).

Письмо — это написанный текст, передаваемый, посылаемый кому-л. для какого-л. сообщения (https://gramota.ru/poisk?query=письмо&mode=slovari&dicts[]=42; см. 4 значение). Невозможно подобрать неоднокоренной синоним, необходимый для передачи этого значения в сочетании с глаголом написать (писать), поэтому употребление однокоренных слов оправдано. Ср. аналогичные ситуации, в которых словосочетания с однокоренными словами нормативны: свет от свечи, закрыть крышкой, варим варенье и т. п.