Судя по всему, здесь слово опыт употреблено в значении 'пробное осуществление чего-л.' (см. значение 4 в «Большом толковом словаре»). Сочетание опыт очерка (очерков) встречается в материалах Национального корпуса русского языка.

Вводным сочетанием скорее всего начинается третья часть сложного предложения, соединенная со второй частью бессоюзной связью. Эта часть имеет значение причины, обоснования (отвечая на вопрос «Почему его уже не было?»), и вместо тире лучше поставить двоеточие.

В словаре Е. А. Левашова «Географические названия» (СПб., 2000) зафиксировано прилагательное гусевский от названия города Гусь-Хрустальный. Но в официальном названии завода употребляется прилагательное гусевской. Почему выбрано название, противоречащее рекомендациям словарей, сказать сложно. Возможно, это профессионализм.

В таком случае запятая также не требуется. Сравним примеры в параграфе 33.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: Не знаю почему и каким образом, но письмо вдруг исчезло; Позвонят — расспроси кто и зачем. 

Предпочтительный вариант расстановки знаков препинания:

Мой предшественник П. Е. Щеголев кончает свой труд о дуэли и смерти Пушкина рядом соображений, почему высший свет, его представители ненавидели поэта и извергли его, как инородное тело, из своей среды.

Корректно: Но сложно сказать, почему эпидемия закончилась, унеся всего лишь треть населения Европы, которая до этого была натуральным загнивающим Западом, заодно почистив популяцию, причём чёрного люда в первую очередь, так как его в целом было больше.  

Логика лингвистическая: инициалы имени и отчества - это разновидность графического сокращения слов. Когда слова сокращаются до первой буквы (инициала) и сокращение заканчивается точкой, то между сокращенными словами ставят пробел. Почему же это правило должно нарушаться для инициалов?

Такова литературная норма. Объяснить, почему ударение в слове падает на тот или иной слог, нельзя. Русское ударение свободное, разноместное, может падать на любой слог (в отличие, например, от французского языка, где ударение фиксированное – всегда на последнем слоге).

По формальному принципу запятая требуется, потому что союз когда не имеет второй части (когда... то): Кошкам, пользующимся метро, трудно понять, где их следующая остановка и почему, когда две линии метро пересекаются, это пересечение не обозначено как остановка.

Вопрос зачем? — это вопрос о цели того или иного действия, вопрос почему? — вопрос о причине. Так что Вы совершенно правы в своих рассуждениях, только дело не в наличии/отсутствии отрицания, а в логике высказывания.