Правильно: вас. Обратите внимание: при обращении к нескольким лицам местоимение вы пишется со строчной.

В подобных предложениях нет оснований ставить запятую.

Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
 

О написании названий должностей см. в «Горячей десятке вопросов».

Знаки препинания расставлены верно.

Ответы на вопросы по пунктуационному оформлению каждого из этих слов можно найти в архиве "Справочного бюро".

Слово пожалуйста в русском языке не является глаголом и, следовательно, не имеет наклонений, в том числе повелительного. Оно относится к особой группе — этикетным междометиям или частицам, которые служат для выражения вежливости, просьбы, благодарности и других коммуникативных функций.

Слово пожалуйста употребляется в следующих основных значениях:

• вежливая просьба или приглашение (Садитесь, пожалуйста!);

• ответ на благодарность (Большое спасибо! — Пожалуйста!);

• выражение согласия или разрешения (Можно открыть окно? — Пожалуйста!).

Нет, не может: прозвище — это название, данное человеку.

Существуют паронимы главный — заглавный.