Запятые нужны, с их помощью обособляется определение, относящееся к личному местоимению. См. параграф 47 и пункт 3 параграфа 48 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. 

Вы не указали год выхода книги, но это может быть или старая книга, или репринтное издание, воспроизводящее старое написание. Дело в том, что до утверждения в 1956 году «Правил русской орфографии и пунктуации» такие наречия, как по-видимому, по-прежнему, могли писаться слитно. Современная орфографическая норма требует только дефисного написания.

Числительные два, три, четыре требуют от существительного постановки в форму родительного падежа единственного числа. Правильно: два кожуха́, три кожуха́, четыре кожуха́.

1. Склоняют правильно, и это вовсе не новые нормы; новая норма как раз – в Бутово, в Строгино. Подробнее об этом читайте в статье.

2. Если родового слова (ГОУ СПО) нет, название, разумеется, склоняется: в Колледже сферы услуг. Если родовое слово есть, правильно писать название в кавычках и не склонять: в ГОУ СПО «Колледж сферы услуг» (ср.: в театре «Современник»).

3. Правильно: С уважением, старший менеджер Николай.

4. Запятые перед как поставлены правильно.

Однородные определения следует отделить друг от друга запятыми: Хранить в сухом, защищенном от прямых солнечных лучей, недоступном для детей месте при температуре от 5 до 25 °C.

Верно: 1) в 1500-е годы; 2) ​​​​​​​в 1514 году; 3) ​​​​​​​в 1503–1512 годах; 4) ​​​​​​​в 1539 году.

В указанных местах необходимы запятые по правилу обособления несогласованных определений, относящихся к именам собственным и личным местоимениям (см. пункты 1 и 3 параграфа 18.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Обратите внимание, что в первом предложении пояснительный оборот нужно отделить с помощью тире, а не двоеточия, а в составе количественного числительного склоняются все части, включая сто: И вообще, мы с Денисом весим одинаково — девяносто килограммов. Только, с его почти двухметровым ростом, Деня кажется дрыщом, а я, со своими ста шестьюдесятью сантиметрами, выгляжу форменным колобком.

Существительным управляет дробная часть: 5,9 прожиточного минимума (девять десятых чего? прожиточного минимума).

Да, такое написание корректно.  

Словосочетание общая сумма не является тавтологией. Тавтология — это неоправданное соседство однокоренных слов (например, *суммарная сумма). Общей суммой вполне можно назвать сумму предыдущих сумм. Например, суммы чисел 2 и 2 и 3 и 3 дают общую сумму 10.