Нет оснований ставить эти запятые: Организация ежегодно в установленные заказчиком сроки представляет план мероприятий... Отчет представляется ежемесячно в срок до 15-го числа на бумажном носителе.

Ошибки в «Большом толковом словаре» под ред. С. А. Кузнецова (версия 2014 года), размещенном на портале, нет. Различие в словарях, которое Вы обнаружили, свидетельствует об эволюции грамматической нормы. Еще в 1976 году в словаре «Грамматическая правильность русской речи» Л. К. Граудиной, В. А. Ицковича, Л. П. Катлинской была отмечена тенденция к вытеснению родительного падежа со значением части винительным падежом: «При глаголах с общим значением «брать», «давать» (брать, взять, выпить, дать, купить, привезти, принести, съесть и под.) выбор падежной формы, в соответствии со старой нормой, определяется значением этой формы: винительный падеж обозначал полный охват объекта действием, определенное количество, родительный – распространение действия на часть объекта, неопределенное количество, например: Налей себе молока из кувшина (т. е. некоторую часть) – Выпей молоко, которое тебе оставлено. Такое разграничение конструкций существует еще и в настоящее время. Однако наряду с этим… различие между родительным и винительным падежом в описываемых конструкциях нейтрализуется, причем в современном употреблении родительный падеж в количественно-выделительном значении вытесняется винительным. Особенно активно этот процесс происходит в разговорной речи, в которой зафиксировано равное количество употреблений родительного и винительного падежа. Ср.: взять продуктов выпей воды, принеси молока, купить конопляного семени, принести хлеба, грибочков купить надо – брать укроп, дать сдачу, купить цветы, привезти сухари».

День до вылета - это 17 июня.

Да, всё верно, правильно именно так.

Какие-либо обязательные запятые не требуются. Возможно обособление оборота в случае установления… дознания Госпожнадзора. Его целесообразно выделить запятыми, чтобы синтаксическая и смысловая структура предложения легче воспринималась.

Согласно словарям русского языка, основное значение предлога до — указание на пространственный, временной или количественный предел действия, движения, состояния, качества и т. п. Если мы говорим о датах, то словарные толкования не дают возможности однозначно утверждать, включается или не включается дата с предлогом до в указанный срок. Сочетание с 9 сентября до 8 октября вполне может ознчать, что крайний срок — 8 октября.

Согласование сказуемого со словами  «ряд, большинство, меньшинство, часть, множество»

Выбор правильной формы сказуемого осложняется тем, что опорное слово подлежащего (ряд, большинство, множество и т. п.), представляя собой существительное в форме единственного числа,  фактически означает множество предметов или явлений как совокупность. В этой связи появляются две возможности для согласования сказуемого:

• формально-грамматическое согласование: сказуемое принимает такую же грамматическую форму, как и подлежащее; большинство граждан проголосовало за нового президента («большинство» и «проголосовало» – единственное число, средний род); ряд пользователей отказался от платной услуги («ряд» и «отказался» – единственное число, мужской род);
• согласование по смыслу: сказуемое принимает форму множественного числа, поскольку подлежащее обозначает множество предметов или явлений: большинство граждан проголосовали за нового президента, ряд пользователей отказались от платной услуги.

В современном русском языке формально-грамматическое согласование сказуемого и согласование по смыслу конкурируют, и в большинстве случаев (но не всегда!) формы единственного и множественного числа сказуемого взаимозаменяемы. 

Формальное согласование рода и числа сказуемого требуется, если собирательное существительное не имеет при себе зависимых слов, а также если в составе подлежащего нет существительных в форме множественного числа: За принятие постановления проголосовало большинство, меньшинство было против; Подавляющее большинство парламента проголосовало против принятия закона; Часть населения безграмотна.

Согласование по смыслу предпочтительно:

1) если между подлежащим и сказуемым располагаются другие члены предложения: Множество замечаний по содержанию диссертации и оформлению библиографии были высказаны молодому аспиранту;

2) если при подлежащем имеется последующее определение в форме множественного числа, выраженное причастным оборотом или придаточным предложением со словом которые: Часть средств, вырученных от продажи книги, пойдут на содержание больниц; Часть средств, которые будут выручены от продажи книг, пойдут на содержание больниц;

3) если нужно подчеркнуть раздельность действий каждого действующего лица, называемого подлежащим, а также подчеркнуть активность действующих лиц: Ряд сотрудников нашей организации выступили с инициативой; ср.: В прошлом году было построено множество дорог.

4) если сказуемых – несколько: Ряд учеников не считают выполнение домашних заданий необходимым и приходят на урок неподготовленными.

5) если в составе сказуемого есть существительное или прилагательное в форме множественного числа: Большинство домов в этой деревне были деревянными.

В справочниках наблюдаются разногласия относительно пунктуационного оформления слова значит в тех случаях, когда оно соединяет части сложного предложения. Так, в справочнике по пунктуации Д. Э. Розенталя читаем:

«Если слово значит находится между придаточной и главной частями сложноподчиненного предложения, то оно выделяется запятыми: Если наступит весна, значит, будет тепло; Раз так упорно отстаивает свои взгляды, значит, чувствует свою правоту — слово значит играет роль структурного элемента предложения.
Если слово значит находится между частями бессоюзного сложного предложения, то оно также выделяется запятыми: Прозвенел звонок, значит, урок кончился; Не уберегли ребёнка, значит, пеняйте на самого себя».

А в параграфе 96 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина находим такую пару примеров: «Собираешься, значит, уезжать? — На небе собираются тучи, значит будет дождь (значит — союз)». Нетрудно заметить, что по справочнику Д. Э. Розенталя в последнем предложении следовало бы выделить слово значит запятыми: На небе собираются тучи, значит, будет дождь.

Разногласия в пунктуационных рекомендациях связаны с противоречивой грамматической трактовкой слова значит в лингвистических источниках, а эта трактовка, в свою очередь, связана с объективно наблюдаемыми языковыми процессами, в частности с развитием у слова значит союзной функции. Подробнее об этом можно прочитать в статье: Руднев Д. В., Друговейко-Должанская С. В. Союз или вводное слово? // #ТОТСБОРНИК: Сборник научных трудов по материалам Тотального диктанта. Вып. 4 / Отв. ред. Н. Б. Кошкарёва. — М., 2019. — С. 134–140. В финале статьи авторы отмечают: «Случай со словом значит ставит создателей пунктуационных правил перед сложной и интересной прагматической проблемой, пока не имеющей приемлемого решения».

Что касается приведенных Вами примеров, то слово значит находится между частями сложного предложения только во втором из них. Рекомендуем все же, в соответствии с рекомендациями «Справочника по пунктуации», поставить запятую, поскольку обретение связующей функции не исключает слово из числа вводных (сравним, например, подобную ситуацию со словами впрочем и итак): А не поступишь — значит, так надо.

В первом из приведенных примеров слово значит близко по смыслу к означает и не является вводным: Достославный — значит пользующийся доброй славой, прекрасной репутацией.