Это перевод официального названия университета, первое слово следует писать с большой буквы: Университет Амстердама.
Названия автовокзалов пишутся аналогично названиям железнодорожных вокзалов (как правило, без кавычек при согласованном определении, стоящем перед словом "автовокзал": Такой-то автовокзал).
См. в «Письмовнике».
Названия стихийных бедствий (ураганов, тайфунов, торнадо и пр.) заключаются в кавычки и пишутся с прописной буквы: тайфун «Джуди», ураган «Катрина», шторм «Ноэль», циклон «Сидр». Название, заключенное в кавычки, не склоняется, если выступает в сочетании с родовым словом: город пострадал из-за урагана «Катрина», жертвами шторма «Ноэль» стали сотни людей. При отсутствии родового слова название следует склонять: город пострадал из-за «Катрины», жертвами «Ноэля» стали сотни людей.
В школе принято ставить точку после заголовков в учебных работах.
Названия остановок наземного городского общественного транспорта и станций метрополитена заключаются в кавычки. Но пишутся без кавычек названия железнодорожных станций.
Приведенный вариант лучше не склонять. В остальных случаях возможно: на мерседесе, на москвиче.
О написании названий марок автомобилей см. в «Письмовнике».
