Правильно: в блокноте, хранящемся в шкафу (в блокноте — каком?).
Грамматической норме соответствует именно форма в лесу. Ударное окончание -у́, -ю́ принимает свыше ста современных существительных мужского рода 2-го склонения при сочетании с предлогами в и на. Чаще всего такие формы используются при обозначении места: думаю о саде, но гуляю в саду. Это окончание очень старое: оно восходит к одному из древнерусских типов склонения, в целостном виде утраченному. Очень широко такое окончание было распространено в русском языке XV–XVI веков: в песку, в списку, в грабежу, на острову и мн. др. Формы на -у могли тогда употребляться и при сочетании с предлогом о: о звону, о броду, о корму и др. Впоследствии круг существительных, способных принимать окончание -у, -ю в предложном падеже, стал сужаться, но до сих пор он охватывает некоторое число частотных слов мужского рода. См. также ответы на вопросы № 203694 и 325842.
Правильно: в городе Ростове.
Верно: встретимся в новой кафе-закусочной.
Да, запятая нужна.
Верны оба варианта. Первый предпочтителен, поскольку при склонении (в городе Балабанове) приходится восстанавливать начальную форму: Балабаново или Балабанов?
Лучше всего: в Можайске. В канцелярской речи – в г. Можайске, в городе Можайске. Варианты в г. Можайск, в городе Можайск не соответствуют литературной норме.
Верно: прийти в чувство.
Верно: в преддверии чего-либо (=перед чем-либо).
Верно: в городе Санкт-Петербурге.