1. Слово следовательно в начале предложения играет роль скорее текстовой скрепы, чем союза, а потому является вводным. 2. Тире между подлежащим и сказуемым-прилагательным обычно не ставится, но при интонационном или логическом членении предложения может быть поставлено. 

Ваши доводы представляются вполне логичными, уместно написание Тетрадь смерти (если речь идет о конкретном магическом предмете). Но и написание строчными вполне возможно, раз такой предмет в мире этого произведения не является уникальным.

Проблематика номинирования социальных, политических и экономических процессов на отдельных исторических этапах государственной и общественной жизни определяет объекты исследования специальных научных работ (не только лингвистических), к которым и рекомендуем обратиться в поисках подтверждений и опровержений разного рода предположений.

В орфографии принят более этимологический подход к членению слова на морфемы, опирающийся на языковую интуицию. Носители языка часто чувствуют родство слов, отнесение которых к однокоренным с точки зрения современных смысловых, структурных, словообразовательных связей сомнительно. Слова, в которых членение слова на морфемы - дискуссионный вопрос, не должны служить материалом для проверки знаний в формате ОГЭ и ЕГЭ. Составители КИМ стремятся такие проблемные слова в реальных экзаменационных заданиях не давать.

В слове наказание вторую а можно проверить словом наказанный.

Лучше заменить утвержденных и утверждение (в конце): сейчас в предложении слишком много однокоренных слов и повторов.

В том случае, если "Правила..." - название официального документа, это название следует взять в кавычки. Слово утвержденный следует поставить в форму творительного падежа. Таким образом, грамматически верно: В соответствии с "Правилами утверждения инвестиционных программ субъектов, в уставных капиталах которых участвует государство, и сетевых организаций", утвержденными постановлением Правительства РФ, вам необходимо направить в срок до 1 августа т. г. свою программу на утверждение.

1. Пунктуация верна. Оборот в соответствии с п.1.3 Постановления Правительства РФ от 3 ноября 1994 г. N 1233 «Об утверждении положения о порядке обращения со служебной информацией ограниченного распространения в федеральных органах исполнительной власти и уполномоченном органе управления использованием атомной энергии» можно выделить запятыми. Объяснение Вы найдете в "Справочнике по пунктуации".

2. Если слово так употребляется в значении "таким способом, такими словами", то пунктуация верна. Если так – вводное слово со значением "например", то после него ставится запятая.

Можно обратиться к печатным изданиям. В недавно вышедшем в свет 4-м издании «Русского орфографического словаря» РАН (М., 2012) зафиксировано:

спа, нескл., м. и с.  (курорт с минеральными водами; водные процедуры)

спа... – первая часть сложных слов, пишется через дефис.

Таким образом, спа в рассматриваемом значении пишется строчными, может употребляться и как самостоятельное слово, и как первая часть сложных слов: спа-процедуры, спа-салон. При самостоятельном употреблении спа может выступать и как существительное мужского рода, и как существительное средного рода.

Прилагательное образовано от сочетания с подчинительными отношениями, в первой части есть суффикс. Для таких слов написание устанавливается индивидуально (дефисное или слитное) и фиксируется в словарях. Слово, о котором Вы спрашиваете, в словарь не попало, но мы можем дать предварительную рекомендацию писать его слитно. Прилагательное медножильный входит в одну тематическую группу с другими прилагательными на -жильный, все они пишутся слитно (одножильный, многожильный и др.). Аналогичное по структуре и типу отношений прилагательное с частью медно- также пишется слитно — меднорудный.

Нетрудно предположить, почему предложения с таким набором последовательных придаточных частей считаются грамматически некорректными. Если в случае с синицей и пшеницей очевидно, что в чулане хранится не синица, то в других высказываниях эта предметная, а следовательно содержательная, ясность может отсутствовать и приводить к неточному, искаженному толкованию или даже к невозможности однозначно интерпретировать смысл сказанного. Другой аргумент кроется в ответе на почти риторический вопрос: нужна ли автору текста подобная грамматическая однотипность, если в русском языке есть иные конструкции, имеющие определительное значение?

В этом предложении существительное зима — подлежащее, сочетание красивое время года — именное сказуемое (точнее, его именная часть; есть еще и нулевая связка). Если такое сказуемое предшествует подлежащему, между ними обычно не ставятся знаки препинания: Красивое время года эта ваша зима! Допустимо разделить предложение на две части (группу сказуемого и группу подлежащего) с помощью тире: Красивое время года — эта ваша зима! О таких случаях см. пункт 6 параграфа 5.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.