Правильно: в городе Шахты, в городе Зверево. Географические названия в сочетании с родовым словом не склоняются, если внешняя форма названия соответствует форме мн. числа. Топонимы славянского происхождения, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, не склоняются в сочетании с родовым словом.
Точка ставится только после кавычек: Пункт 5 изложить в следующей редакции: "Результат определяется по соглашению сторон".
В словах подберезовик, подосиновик два суффикса: -ов- и -ик-.
Запятая поставлена правильно.
Сочетание "Где ты есть?" в принципе возможно, однако достаточно: Где ты?
Корректно: За плечами огромный путь, и нам есть чем гордиться.
Тире не ставится перед словом есть, присоединяющим сказуемое к подлежащему (но ставится перед словами это есть).
Такие переносы корректны, они не нарушают правил переноса.
