ООО «Трон» — это словосочетание. Главным словом в нем является существительное общество — главное слово словосочетания общество с ограниченной ответственностью (расшифровка аббревиатуры ООО). Название «Трон» играет роль приложения. Соответственно, если со словосочетанием нужно согласовать какое-либо слово, нужно поставить это слово в средний род: ООО «Трон» заключило договор...

В этом случае нужно закрыть ряд однородных согласованных определений после определяемого слова (а такие определения по правилам обособляются) и поставить знак между частями сложносочиненного предложения. Рекомендуем для разделения частей использовать тире, так как требуется передать быструю смену событий, а определения выделить запятыми: Вздох, тяжёлый и мрачный, — и я зажмуриваюсь, плотно сжав зубы.

Тире в указанной позиции действительно нужно поставить, чтобы закрыть пояснительную конструкцию, внутри которой есть придаточное предложение. Кроме того, в предложении не требуется запятая между присоединительным союзом и в начале предложения и вводным словом конечно. Что касается числа сказуемого при подлежащем — относительном местоимении кто, то здесь возможны варианты, см. ответ на вопрос № 328259.

Оборот с производным предлогом в отличие от факультативно может быть обособлен (подробнее см. «Справочник по пунктуации»). Форма родительного падежа существительного в сочетании не признает состояния корректна. Обратите внимание, что перед придаточной частью, даже заключенной в кавычки, нужно поставить запятую: ...должны применяться государствами, «даже если одно из государств не признает...

Да, рекомендации в словарях и энциклопедиях разнятся. Представляется разумным такой подход. Кавычки ставятся с целью предупредить неверное понимание слова, поэтому, если из контекста понятно, что речь идет о заболевании, кавычки можно смело опустить: эпидемия испанки. Если же контекст допускает разные толкования (например: в этой статье автор рассказывает об испанке), кавычки лучше поставить, они снимут неоднозначность.

Большой толковый словарь

Запятую надо поставить после скобок. Руководствуемся правилом, сформулированным в справочнике Д. Э. Розенталя «Пунктуация»: знаки препинания, которые стоят на месте «разрыва» предложения вставной конструкцией, выделяемой скобками, помещаются после скобок. Ср. пример из справочника: У Саввы, пастуха (он барских пас овец), вдруг убывать овечки стали – обособленное приложение пастуха, но запятая ставится только после вставного предложения.

Не обособляются деепричастия, которые являются обстоятельствами образа действия, напр.: Поезд шёл не останавливаясь («безостановочно»); Она говорила об этом улыбаясь («говорила с улыбкой»). В Вашем предложении-заголовке деепричастие не обозначает образ действия, оно указывает пусть и на парадоксальное по смыслу, но все же действие: хотя я ухожу, но при этом остаюсь. Так что запятую нужно поставить. 

Если пишущий решил поставить логическое ударение на сочетании автор предложенного текста, а имени собственному придать уточняющий характер, то это имя собственное нужно обособить с помощью тире или запятой (см. пункт 2 параграфа 63 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). В общем случае обособление не нужно (см. пункт 1 того же параграфа).