Стоит добавить тире: Помещение можно разбить на три зоны: первая — для кухни и столовой, вторая — для отдыха и сна, третья — для хранения вещей.

Вы правы. «Справочник по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указывает: в русских двойных фамилиях первая часть склоняется, если она сама по себе употребляется как фамилия: песни Соловьева-Седого. Ср. также: картины Петрова-Водкина, проза Соколова-Микитова, фильмы Михалкова-Кончаловского, судьба Муравьева-Апостола. Если же первая часть не образует фамилии, то она не склоняется: исследования Грум-Гржимайло. Поскольку в рассматриваемой фамилии первая часть (Божья) не употребляется как самостоятельная фамилия, корректно склонять только вторую часть фамилии: Романа Божья-Воли, Роману Божья-Воле.

Указанная запятая нужна, она закрывает придаточное предложение.

Если Вы имеете в виду часть наименования после тире, то слово филиал следует использовать в том же падеже, что и слово мастерские.
И. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Р. п.: Механических мастерских – филиала федерального государственного казенного учреждения.
Д. п.: Механическим мастерским – филиалу федерального государственного казенного учреждения.
В. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Т. п.: Механическими мастерскими – филиалом федерального государственного казенного учреждения.
П. п.: (О) механических мастерских – филиале федерального государственного казенного учреждения. 

Вторая запятая не нужна: союз и соединяет здесь однородные инфинитивы, зависящие от слова нужно.

Любое определенно-личное предложение допускает двоякую интерпретацию: и как односоставное определенно-личное (и тогда полное), и как двусоставное неполное.

В приведенных примерах корректно написание с большой (прописной) буквы.

Словари фиксируют два варианта названия жителя Запорожья – запорожец и запорожанин. При этом предпочтительно (несмотря на омонимию с названием автомобиля) именно запорожец.

В этом предложении ситуации сработает этот аварийный сигнал и машина будет остановлена представлены как следствия из условия двигатель отключится из-за перегрузки или короткого замыкания, а потому запятая перед союзом и не ставится (он соединяет однородные главные части при одной придаточной).