В первом подвергается сомнению факт "он мастер" (о том, кто не должен быть мастером), во втором - факт "он не мастер" (о том, кто считается мастером).
Оба варианта возможны. Слова, зависящие от глагольной формы с отрицанием, могут стоять в форме как родительного, так и винительного падежа, если в зависимости от глагола без отрицания они употребляются в винительном падеже: содержит сою, глутамат натрия – не содержит сои, глутамата натрия / не содержит сою, глутамат натрия.
В этом предложении можно счесть подлежащим Кологривов, а существительное старик — приложением к нему. Но это — в том случае, если до этого номинации старик Кологривов в тексте не было. А вот если этот персонаж постоянно именуется этим сочетанием, то подлежащим становится все это сочетание.
Да, мастер цигуна - возможно.
Возможны варианты, выбор влияет на смысл фразы.
Корректно: Посетили экскурсии в парке «Патриот», на заводе...
Оба варианта возможны, первый вариант более употребителен.