Современной орфографической норме соответствует написание через дефис: естественно-исторический. Слитное написание можно встретить в старых словарях и их современных переизданиях, игнорирующих развитие орфографической науки за последние десятилетия.
Запятая не нужна. Также не нужна прописная буква в слове почетная.
Знаки препинания расставлены верно.
Ваш спор легко разрешить с помощью толкового словаря. Приведем статью из словаря Н. Ю. Шведовой, где не только фиксируется современное значение слова, но и показано, как это значение возникло:
БЕДОВЫЙ, -ая, -ое; -ов (разг.). Шустрый, сме-лый. Б. мальчишка. || сущ. бедовость, -и, ж.
К беда; развитие знач.: ‘несущий беду, опасный, гибельный’ > ‘(о человеке) неуживчивый, беспокойный, вздорный’ > ‘смелый, шустрый’.
Правилен первый вариант.
Скорее всего, имеются в виду временные, непостоянные факторы, поэтому верно: преходящих моментов.
Если нет причастия направленный, предлог на здесь неуместен. Возможный вариант: проект по поддержке, развитию.
Большой толковый словарь
Верно: план действий по развитию, расширению сети (= действий, направленных на развитие или расширение).
В обоих случаях следует писать слитно: неважно; неполученная польза.
