Лучше: две чашки кофе.
Кофе мужского рода в эталонном употреблении и среднего рода в разговорной речи.
Корректно: Единственное, чего мы не нашли, – это хороший кофе. Подлежащее и сказуемое (единственное и кофе) стоят в форме именительного падежа. Ср.: Чего мы не нашли – так это хорошего кофе.
Слово кофе допускается употреблять как существительное среднего рода в разговорной речи. Литературной нормой по-прежнему является употребление слова кофе как существительного мужского рода.
Обязательное употребление буквы ё в документах -- не более чем инициатива ульяновского губернатора, и ни РАМН (Российская академия медицинских наук), ни РАН (Российская академия наук) не издавали по этому поводу никаких документов. Употребление буквы ё в современном русском языке определяется «Правилами орфографии и пунктуации».
Предлагаем обратиться к словарям на нашем портале в окне «Искать на Грамоте» (орфографический, толково-образовательный словарь).
Пожалуйста, воспользуйтесь окном «Искать на Грамоте».
Правильно: мелет кофе, мелет чушь, мелет вздор.
Кофе – существительное мужского рода (в образцовой литературной речи) и среднего (в разговорном употреблении).