Сочетание не сомневаюсь нужно выделить как вводное — с его помощью говорящий выражает высокую степень уверенности в сообщаемом. С точки зрения синтаксиса приведенный пример интересен тем, что это вводное сочетание находится внутри другой вводной конструкции — предложения как вы знаете, указывающего на источник сообщения: ...как вы, не сомневаюсь, знаете...

Запятая нужна. Сочетание по данным (чего) указывает на источник информации и является вводным.

Да, в приведенных предложениях сочетания по Библии и по Толстому вводные, поскольку указывают на источник информации.

Оборот с предлогом согласно здесь выполняет функцию вводного сочетания, поскольку указывает на источник информации. Запятая после него нужна: Согласно А. А. Пушкину, «цитата».

В этом предложении деепричастие сохраняет значение глагольности, обозначая дополнительное действие (= «нахмурился и подошел к окну»), и должно быть обособлено: ...мужчина, нахмурившись, подошёл к окну... Сравним это же деепричастие в другом контексте: Мужчина смотрел нахмурившись (деепричастие имеет значение образа действия и сближается по смыслу с наречием). Отметим, что нагромождение деепричастий и деепричастных оборотов в приведенном Вами предложении выглядит стилистически неудачным.

Прямая речь, при которой указание на источник сообщения не содержит глагола, не описана в справочниках (сравним вариант с глаголом: Завод заявил об увеличении поставок, сообщает Reuters). В таких случаях можно ориентироваться на практику СМИ, где используется тире без запятой: Завод заявил об увеличении поставок — Reuters.

Сочетание по мнению (кого-либо) указывает на источник информации, на субъективный взгляд и является вводным: Как должна выглядеть женщина, по мнению мужчины?

В данном предложении сочетание по прогнозу является вводной конструкцией, указывающей на источник информации, и выделяется запятыми. 

Если сочетание по (чьей-л.) логике указывает на источник сообщения, то оно действительно выполняет функцию вводного.

В приведенных примерах оборот с производным предлогом согласно служит ссылкой на источник сообщения и тем самым близок вводной конструкции: согласно плану = «как указано в плане» и т. д. Важно значение этого оборота.