Корректно: И теперь, пожимаясь от холода, студент думал о том, что точно такой же ветер дул и при Рюрике, и при Иоанне Грозном, и при Петре и что при них была точно такая же лютая бедность, голод, такие же дырявые соломенные крыши, невежество, тоска, такая же пустыня, кругом мрак, чувство гнета — все эти ужасы были, есть и будут, и оттого, что пройдет еще тысяча лет, жизнь не станет лучше.

Увы, строгих правил здесь И это касается не только пробела после двоеточия. Например, в "Большом словаре церковнославянского языка Нового времени" вместо двоеточия стоит точка, а в патриархийном издании Библии, на которое ориентируются авторы этого словаря, — запятая. 

Однако чаще всего в сокращенных ссылках на Библию используются следующие правила: 1. Название книги Библии сокращается до первых двух букв (например, Мф для Матфея, Лк для Луки, Ин для Иоанна). 2. После названия книги ставится двоеточие (:). 3. Номера глав и стихов пишутся слитно, без пробелов (например, 21:12-14). 4. Если ссылка включает в себя несколько стихов, они отделяются дефисом (например, 21:12-14). 5. Если ссылка включает в себя несколько книг, они перечисляются через точку (например, Мф. 21:12-14; Лк. 23:34). 6. При ссылке на конкретное издание Библии (например, Синодальный перевод) после номера стиха можно указать аббревиатуру перевода (например, Мф. 21:12-14 SYN). Эти правила не являются строгими и могут варьироваться в зависимости от контекста и традиций конкретной церкви или сообщества.

Возможны оба варианта. Употребление предлога зависит от контекста. Ср.: На этом семинаре речь шла об открытии целого семейства элементарных частиц и Кульчицкий, Львовский, Коган, если верно помню, официально состояли в этом семинаре.