Корректно по всему тексту писать Айболит без кавычек. В рамках рассказа Айболит становится прозвищем данного персонажа, и нет необходимости всякий раз подчеркивать кавычками условность этого наименования.

Лучше говорить о занятиях / встречах / консультациях и иных формах учебной работы по программе или в рамках программы.

Представляется достаточным писать только первое слово с прописной, это уже будет сигналом того, что речь идет о собственном наименовании. К тому же слово охота, насколько можно судить, используется здесь в значении, близком к основному.

Да, существует как юридический термин. Управомоченный субъект — субъект, обладающий определенными правомочиями, наделенный некоторыми правами в рамках данных правоотношений. Это слово употребляется в литературе по теории права и нормативно-правовых актах, например в Гражданском кодексе Российской Федерации. В русском языке оно известно со второй половины XIX века (тогда же появились слова правомочие, правомочный). За пределами специальных юридических текстов использование слова управомоченный ограниченно, в словари литературного языка оно не включено.

Правильно: «Парню пятнадцать, — подумала я, — но он постарался остаться в рамках правил этикета».

Названия должностей, званий, титулов пишутся строчными. Поэтому в нейтральном употреблении для прописной буквы нет оснований.

Но вполне можно предположить, что контекст не нейтральный, тогда такой категоричный ответ не подходит. В обращении профессор вместо обращения по имени и отчеству видится намек на какую-то языковую игру или на дружеские взаимоотношения, а в рамках такой игры или в разных стилистических целях прописная буква может быть уместна (например, в шутку подчеркнуть особый высокий смысл, вкладываемый в слово профессор, и т. д.).

Сочетание выпускная квалификационная работа нет оснований писать с прописной буквы, это не имя собственное.

Для обособления обстоятельственного оборота с предложным сочетанием в рамках нет оснований. Заметим, что само это сочетание в приведенном предложении употреблено неуместно, так как обозначает «ограничиваясь (только этим), охватывая (только это)» и сочетается с отвлечёнными существительными, например: Действовать в рамках закона; Рассуждать в рамках сегодняшних представлений. С названием страны нужно использовать предлог в: в современной России. Кроме того, при редактировании предложения желательно устранить нанизывание трех подряд конструкций с предлогом в.

Ваши рассуждения верны. Заметим, правда, что пунктуационное оформление присоединительного оборота с сочетанием по крайней мере не зависит от того, сложное предложение или простое: Мы надеемся, что, по крайней мере в этот раз, всё будет иначе; Я не сдамся, по крайней мере в этот раз. 

Для запятых в этом предложении нет оснований.