Вряд ли проблема может "ставить" что-либо "во главу угла. Слишком витиеватый оборот речи.
Предпочтителен первый вариант.
А почему нельзя сказать "наш аудитор... проводит"? Тогда и согласование появится.
Правильно: всё, что между нами было. Запятая перед что не ставится, если это слово входит в состав неразложимых сочетаний, например: расскажите что вздумается; бери что дают; найду что делать; достать что нужно; работа что надо и т. д.
Правильно: наши дети неорганизованны и не совсем дисциплинированны.
Запятая ставится.
Правильно: наши.
Запятая перед как не нужна.
В значении 'время от времени; иногда' употребляется устойчивое сочетание нет-нет (да) и. Запятая между его частями не ставится: Они нет-нет и публикуют наши статьи.
На месте вопросительного знака никакой знак препинания не нужен.