В названиях организаций с большой буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные. Если это официальное название музея, то корректно писать слово музей с большой буквы: Музей Московского вертолетного завода им. Миля.
Прилагательное от Чухлома – чухломской. Правильно: Чухломской краеведческий музей.
Запятые поставлены корректно.